เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นจากการตรวจพบความผิดปกติบริเวณอ่าวโตเกียว ของเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยชายฝั่ง อันเกิดจากการโจมตีของสิ่งมีชีวิตบางอย่าง จนส่งผลให้เกิดเหตุการณ์น้ำท่วมในระบบ Tokyo Bay Aqua-Line ในเวลาต่อมา แต่เรื่องกลับถูกปกปิด จนกระทั่งหายนะครั้งใหญ่ได้ปะทุรุนแรงขึ้น จากแรงสั่นสะเทือนที่มาพร้อมเสียงคำรามกึกก้องของอสูรกายขนาดมหึมา เริ่มจากชายฝั่งในเขตคามากุระ จังหวัดคานากาว่า ไปจนถึงกรุงโตเกียว เมื่อ ก็อดซิลล่า ตัวใหม่ กลับมาปรากฏตัว และทำให้ญี่ปุ่นทั้งเมืองต้องตกอยู่ในความโกลาหลอีกครั้ง มหันตภัยครั้งร้ายแรงของญี่ปุ่นได้เริ่มขึ้นแล้ว รัฐบาลญี่ปุ่นจากหลากหลายหน่วยงาน ร่วมด้วยความช่วยเหลือจากต่างประเทศจะผนึกกำลังกัน เพื่อรับมือและหยุดยั้งความสูญเสียจากการทำลายล้างของสิ่งมีชีวิตสุดน่ากลัวใน Godzilla Resurgence นี้อย่างไร?

เรื่องราวชีวิตของ “เรียวตะ” (อาเบะ ฮิโรชิ) อดีตนักเขียนดาวรุ่งที่ใช้ชีวิตผิดทางจนต้องหย่าร้างกับ “ภรรยา” (มากิ โยโกะ) แม้พยายามจะเขียนหนังสือดีๆออกมาอีกครั้งแต่เขาก็ทำไม่สำเร็จและกลายเป็นนักสืบเอกชนในบริษัทเล็กๆแห่งหนึ่ง เขาพยายามหาเงินทุกวิถีทางเพื่อพิสูจน์ให้อดีตภรรยาเห็นว่าเขาสามารถจ่ายค่าเลี้ยงดู “ลูกชาย” (โยชิซาวะ ไทโย) ได้ ท่ามกลางความล้มเหลวมีเพียง “แม่” (คิคิ คิริน) ของเขาที่ยังรักเขาและคอยช่วยลูกชายสมานรอยร้าวในครอบครัว ในวันที่มีพายุสมาชิกครอบครัวทั้งหมดของเขาติดอยู่ในบ้านเล็กๆของแม่ และเปิดโอกาสให้เขาได้มองเห็นคำตอบของชีวิตท่ามกลางช่วงเวลาสั้นๆ ที่ครอบครัวของเขากลับมาพร้อมหน้าพร้อมตาอีกครั้งก่อนที่ต่างคนจะแยกย้ายกันไปหลังจากพายุผ่านพ้นไป

เก้าปีหลังจากเหตุการณ์สึนามิถล่มที่โทโฮคุ ทางภาคตะวันออกเฉียงเหนือของญี่ปุ่น ได้เกิดคดีฆาตกรรมสองคดีขึ้นที่เมืองเซนได จังหวัดมิยากิ โดยเหยื่อจากทั้งสองคดีต่างถูกสันนิษฐานว่าอาจเกิดจากน้ำมือของฆาตกรคนเดียวกัน ซึ่งสาเหตุการเสียชีวิตเกิดจากการอดอาหารจนตาย ขณะเดียวกัน "ยาสุฮิสะ โทเนะ" (ทาเครุ ซาโต้) ผู้ต้องสงสัยในคดีดังกล่าวที่เพิ่งถูกปล่อยตัวออกมาจากคุก ได้ก่อเหตุลอบวางเพลิงและทำร้ายร่างกายผู้ชายคนหนึ่งเพื่อปกป้องคนที่เขารู้จัก ทำให้นักสืบ "เซอิจิโระ โทมาชิโนะ" (ฮิโรชิ อาเบะ) ค้นพบความเชื่อมโยงถึงเหยื่อทั้งสองคนที่ถูกฆาตกรรมในเมืองเซนได และพยายามจะตามล่าตัวโทเนะ เพราะเมื่อยิ่งสืบลึกลงไปเขาก็ยิ่งกลายเป็นผู้ต้องสงสัยในคดีนี้มากขึ้นทุกที

เมื่อมินาโตะ ลูกชายของเธอเริ่มมีพฤติกรรมแปลก ๆ ผู้เป็นแม่จึงเริ่มรู้สึกว่ามีอะไรบางอย่างแปลกไปและค้นพบว่าคุณครูคือต้นตอของเรื่องราวทั้งหมด เธอจึงบุกเข้าไปถึงโรงเรียนเพื่อที่จะรู้ให้ได้ว่าเกิดอะไรขึ้น แต่เมื่อเรื่องราวเปิดเผยขึ้นมาต่อหน้าของผู้เป็นแม่ ความจริงอันน่าตกใจระหว่างคุณครูและเด็ก ๆ ก็ถูกเปิดเผยขึ้นมาเช่นกัน