ตั้งแต่เรื่องสัปปะรดไปจนถึงรักแรก พบกับเรื่องราวทั้งเก่าและใหม่ในชีวิตของสาววัย 27 จากโตเกียวเมื่อเธอเดินทางออกนอกเมืองและย้อนรำลึกถึงความทรงจำในอดีต

หลังจากพบว่ามีใครคนหนึ่งเคยยืมหนังสือทุกเล่มที่เธอยืมจากห้องสมุดมาก่อน ชิซูกุ นักเรียนสาวจึงตัดสินใจตามหาเขาคนนั้นและทำตามความฝันของเธอไปพร้อมๆกัน

ซาโตชิ พิคาชู และเหล่าผองเพื่อนได้ออกเดินทางไปยังดินแดนแห่งหนึ่งซึ่งถูกปกคลุมไปถ้วยอำนาจมืดพวกเขาจึงต้องช่วยกันนำลูกแก้วจากภูเขาสามแห่งกลับมายังดินแดนแห่งนึ้เพื่อสลายพลังอำนาจชั่วร้ายซึ่งพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับเหล่าโปเกมอนวิหคที่มากด้วยพละกำลังมหาศาล แต่การต่อสู่กลับปลุกลูเกีย โปเกมอนแห่งท้องทะเลลึก ให้ตื่นขึ้น และช่วยปกป้องพวกซาโตชิ ให้นำลูกแก้วกลับมาอย่างปลอดภัย ...

มอลลี่ เด็กสาวผู้โดดเดี่ยว บังเอิญปล่อยอำนาจของโปเกมอนปริศนา ชึ่งใช้ความฝันและจินตนาการของมอลลี่มาทำให้พวกมันมีชีวิตและอำนาจชั่วร้ายที่สามารถทำให้เมืองกลายเป็นน้ำแข็ง มอลลี่ต้องการมี่แม่ จึงให้ เอ็นตี้ โปเกมอนแห่งตำนาน ไปตามหาแม่ของเธอ แต่ เอ็นตี้ กลับไปลักพาตัวแม่ของซาโตชิ และสะกดจิตให้เธอเป็นแม่ของมอลลี่ ซาโตชิและเพื่อนจึงต้องต่อสู้เพื่อช่วยแม่ของเขากลับมาและทำลายอำนาจมืดที่ปกคลุมเมืองนี้ให้ได้

จาการพยายามที่จะตามหาเซเลบี เจ้าโปเกมอนน้อย ทำให้เขาหลุถย้อนเข้าไปในอถีตถึง 40 ปี หลงเข้าไปอยู่ในป่าใหญ่เพียงลำพัง แต่ได้รับการช่วยเหลือจากหญิงผู้หนึ่งซึ่งอาศัยอยู่ในป่านั้น เขาไม่ละความพยายามที่จะติดตามหาเจ้าเซเลบี แม้จะ ต้องพบกับอุปสรรคและอันตรากเหล่านักล่าโปเกมอน

โคนัน รันและเหล่าขบวนการนักสืบเยาวชนเดินทางไปยังเมืองหุบเขาหิมะ ในวันเดียวกันนั้นได้เกิดเหตุระเบิดที่รถไฟใต้ดินซึ่งผู้ว่าโตเกียวโดยสาร อยู่ด้วย! เหตุการณ์ในครั้งนี้เกี่ยวข้องกับคดีปริศนาที่เคยเกิดขึ้นเมื่อ 8 ปีก่อนที่เมืองหิมะแห่งนี้ โคนันจะต้องไขคดีและตามหาคนร้ายให้พบ โดยที่มีเวลาในการไขปริศนาเพียง 15 นาทีเท่านั้นก่อนที่ระเบิดจะทำงาน!

เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อโนบิตะบอกว่าอยากเป็นนักดำน้ำ โดราเอมอนจึงใช้ของวิเศษทำให้เมืองจมลงสู่ก้นทะเล ในขณะที่กำลังว่ายน้ำอยู่กับฝูงปลาอย่างสนุกสนาน พวกโนบิตะก็ได้พบกับโซเฟีย เจ้าหญิงแห่งชนเผ่าเงือกที่ย้ายถิ่นฐานมาอาศัยอยู่ในทะเลบนโลกตั้งแต่เมื่อ 5,000 ปีก่อน โซเฟียได้พาพวกโนบิตะลงไปยังเมืองใต้ทะเล พวกเขาได้สวมชุดเงือกและสนุกกับการผจญภัยใต้ท้องทะเล แต่ในขณะนั้นเองปลาไหลยักษ์ก็พุ่งเข้ามาจู่โจมพวกเขา แม้จะเอาชีวิตรอดมาได้ แต่ชิซุกะก็ถูกใครบางคนจับตัวไป หลังจากได้รู้เรื่องเกี่ยวกับดาบแห่งตำนานของชนเผ่าเงือกซึ่งเป็นสิ่งที่ชนเผ่าปลาชั่วร้ายต้องการจะครอบครอง พวกโนบิตะจึงตัดสินใจที่จะช่วยชนเผ่าเงือกต่อสู้เพื่อปกป้องดาบแห่งตำนานเอาไว้