หลังการล่มสลายจากเชื้อไวรัส ญี่ปุ่นได้สูญเสียอิสรภาพให้กองกำลังจีเอชคิว จากนั้น ชู เด็กมัธยมปลายได้รับพลังบางอย่างที่ทำให้เขาลุกขึ้นต่อต้าน

เอ็ดเวิร์ด และ อัลฟองเส่ เอลริค สองพี่น้องตระกูลเอลริค ต้องสูญเสียแม่ที่รักไปอย่างกะทันหันด้วยโรคระบาด ทั้งคู่จึงตัดสินใจใช้วิชาแปรธาตุในการ “ชุบชีวิตมนุษย์” ซึ่งถือเป็นวิชาต้องห้ามของการเล่นแร่แปรธาตุ เพื่อคืนชีวิตให้กับแม่ ของตน แต่ เอ็ดและอัลต้องจ่ายค่าผ่านทางในการรับรู้แก่นแท้โดยแลกด้วยร่างกาย เอ็ดจ่ายด้วยขา ส่วนอัลจ่ายด้วยร่างกายทั้งหมด เอ็ดพบว่าร่างของน้องชายหายไปทั้งหมด จึงจ่ายด้วยแขนและดึงวิญญาณของน้องชายผนึกไว้ในชุดเกราะด้วยตราโลหิต พันเอก รอย มัสแตง แห่งกองทัพทราบเรื่องเห็นว่าเอ็ดมีฝีมือถึงขนาดสามารถผนึกวิญญาณได้ จึงเสนอให้เอ็ดเข้าเป็น “นักเล่นแร่แปรธาตุของทางการ” เอ็ดได้ตอบตกลงเข้านักเล่นแร่แปรธาตุของทางการ ได้ฉายาว่า นักเล่นแร่แปรธาตุเหล็กไหล เขาได้เริ่มออกตามหาศิลานักปราชญ์ ศิลาวิเศษณ์ที่ทำให้เขาสามารถใช้พลังการแปรธาตุที่อยู่เหนือกฎเกณฑ์การแลกเปลี่ยนที่ทัดเทียม เพื่อค้นหาวิธีคืนร่างเดิม

หลังจากหุ่นยนต์ที่มีวิทยาการล้ำหน้าที่สุดเจ็ดตัวถูกกำจัดพร้อมแนวร่วมมนุษย์ทีละราย นักสืบเกจิฮิโตะก็ล่วงรู้ว่าภัยอันตรายกำลังจะมาถึงตัวเอง