สองปีให้หลังการนำทัพออกไปต่อสู้กับเซฟิรอธผู้ชั่วร้าย คลาวด์ถูกชุบชีวิตกลับมาอีกครั้งหลังจากการโจมตีของสามพี่น้องลึกลับ

ความโกลาหลเกิดขึ้นในโลกมนุษย์อิจิโกะและคอนไปยังโซลโซไซตี้ที่โดยทำลายด้วยอนุวิญญาณและความผิดพลาดของลูเคียแปลกที่พวกยมทูตจำอิจิโกะไม่ได้และคิดว่าเขาและลูเคียคือต้นเหตุของปัญหาในโซลโซไซตี้ อิจิโกะจึงได้ทำการหลบหนีและตามหาลูเคียเพื่อตามคนร้ายตัวจริง

Episode ONE เดอะมูฟวี่ภาคพิเศษที่สร้างขึ้นเพื่อฉลองครบรอบ 20 ปี การ์ตูนยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ที่จะพาแฟนๆ ย้อนกลับไปเจาะลึกเหตุการณ์ และยาพิษปริศนาขององค์กรชุดดำ ที่ทำให้คุโด้ ชินอิจิ นักสืบม.ปลาย ต้องกลายเป็น เอโดงาวะ โคนัน นักสืบประถมรุ่นจิ๋วอีกครั้ง

เรื่องราวที่เกิดขึ้นที่สถานีโทรทัศน์นิชิอุริมีการเกิดระเบิดขึ้นทันควัน ระหว่างการรายงานข่าวการประลองเกมไพ่กลอนประเทศญี่ปุ่น “ซัทสึกิคัพ” ด้านในตึกที่เต็มไปด้วยความระส่ำระสาย ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดสายลับทิศตะวันออก รวมทั้ง โทยามะ ค้างสึฮะ เพื่อนฝูงยุคเด็กของเขาก็อยู่ในสถานที่ที่นี้ด้วย แม้กระนั้นได้ โคนัน เข้าไปช่วยออกมาได้อย่างเฉียดฉิว ดูราวกับว่าคดีนี้จะเป็นฝีมือของผู้ก่อให้เกิดเหตุการณ์ร้ายแรง แต่ทว่าก็ยังไม่มีผู้ใดทราบถึงแรงบันดาลใจของผู้ร้าย เวลาเดียวกันโคนันรวมทั้งเฮย์จิต่างก็รู้สึกแปลกๆถึงคำแถลงข่าวสารคดีระเบิดที่ฟังมองไร้เหตุผล ช่วงเวลาเดียวกันพวกโคนันได้เจอกับ โอโอกะ โมไม่จิ สตรีที่อ้างตัวว่าเป็นเป็นคู่หมั่นของเฮย์จิ เนื่องจากว่าคุณเป็นแชมป์การแข่งขันชิงชัยเกมไพ่กลอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย คุณก็เลยถูกเรียกว่าเป็นราชินีที่แวดวงชิงชัยเกมค้างรุตะ ในเวลาถัดมาหนึ่งในผู้ชนะเลิศซัตสึกิคัพได้ถูกฆาตเกลื่อนกลาดรรมข้างในบ้านสไตล์ประเทศญี่ปุ่นในเมืองอาราชิยามะที่จังหวัดเกียวโต และก็กล้องวงจรปิดก็ถ่ายติดโมไม่จิซึ่งอยู่ในสถานที่เกิดเหตุอีกด้วย

หลังจากที่สิ่งมีชีวิตที่ไม่ปรากฏชื่อที่เรียกว่า "ผู้ไร้ตัวตน" เริ่มปรากฏขึ้น ในไม่ช้าพวกเขาก็ตามด้วยยมทูตชื่อ เซ็นนะ ที่ทำให้พวกเขาหายตัวไป ยังเป็นปริศนากับสิ่งมีชีวิตที่ไม่รู้จักเหล่านี้และหญิงสาวที่ลึกลับยิ่งกว่านั้น อิจิโกะและลูเคียออกเดินทางเพื่อเรียนรู้เพิ่มเติม แต่ค้นพบแผนการชั่วร้ายเมื่อกลุ่มที่คุกคามพยายามลักพาตัวเซ็นนะ

นรก - สถานที่สำหรับสิ่งมีชีวิตที่ได้ทำบาปมหันต์ในช่วงที่ยังมีชีวิตอยู่ เป็นดินแดนที่แม้แต่ยมทูตก็ถูกห้ามไม่ให้เข้าไปยุ่ง เมื่อกลุ่มคนชั่วร้ายวางแผนหลบหนีจากคุกนิรันดร์นี้ พวกเขากลับพบว่าตัวแทนยมทูตนามว่า คุโรซากิ อิจิโกะ คือกุญแจสู่อิสรภาพ คนบาปเหล่านั้นเริ่มโจมตีและทำการลักพาตัวยูสุ ซึ่งเป็นน้องสาวของอิจิโกะแล้วพาเธอไปที่นรก ด้วยความช่วยเหลือของชายลึกลับนามว่าโคคุโตะ อิจิโกะและ

หลังจากที่โออินล้ำค่าถูกขโมยโดยฮิตสึกายะ โทชิโร่ก็หายตัวไปและกลายเป็นผู้ต้องสงสัยในข้อหากบฏ เมื่อโซลโซไซตี้เรียกร้องให้จับกุมและประหารชีวิต ยมทูต อิจิโกะ คุโรซากิ สาบานที่จะพิสูจน์ความบริสุทธิ์ของฮิตสึกายะ

16 ปีที่แล้ว ชายสวมหน้ากากในนามว่า โทบิ ได้ปลดปล่อยปิศาจจิ้งจอกเก้าหางออกมารุกรานหมู่บ้านโคโนฮะ แต่นามิคาเสะ มินาโตะ ผู้นำหมู่บ้านและอุซึมากิ คุชินะ ภรรยาของเขาสามารถกำราบได้สำเร็จ โดยผนึกพลังของจิ้งจอกเก้าหางไว้ในร่างของลูกชายนามว่า อุซึมากิ นารูโตะ ปัจจุบัน ชาวบ้านต่างอยู่เย็นเป็นสุข แต่ความสงบสุขก็ถูกทำลายเมื่อมีองค์กรนินจาลึกลับนามว่า แสงอุษา ได้บุกโจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ นารูโตะตกตะลึงว่าทำไมองค์กรแสงอุษาจึงกลับมา ทั้งที่พวกเขาน่าจะตายไปนานแล้ว ขณะเดียวกันชายสวมหน้ากากก็ใช้คาถาลึกลับทำร้ายนารูโตะและซากุระ แล้วส่งพวกเขาไปอยู่ในโลกอีกมิติหนึ่งที่ผองเพื่อนและบรรดาอาจารย์ของพวกเขาได้เปลี่ยนไปยังกะคนละคน ซาสึเกะกลายเป็นหนุ่มเพลย์บอย ฮินาตะกลายเป็นสาวมั่นสุดร้อนแรง รวมถึงพ่อแม่ของนารูโตะยังมีชีวิตอยู่ และตำนานนินจาโฮคาเงะก็อาจจะเปลี่ยนไปด้วย

ชมรมคาเมนไรเดอร์ค้นพบว่ากองเรือไดซังเกียคกำลังมุ่งหน้าสู่โลก โดยมีกัปตันมาร์เวลลัสเป็นจักรพรรดิผู้ยิ่งใหญ่ กัปตันมาร์เวลลัสมีแผนที่จะครอบครองพลังอันยิ่งใหญ่ของคาเมนไรเดอร์ ซึ่งว่ากันว่าเป็น "สมบัติล้ำค่าแห่งจักรวาล" เนื่องจากมีวายร้ายซูเปอร์เซ็นไตจำนวนมากที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมาภายใต้การบังคับบัญชา ในขณะเดียวกัน สึคาสะ คาโดยะก็กลายเป็นผู้นำที่ยิ่งใหญ่ของไดช็อกเกอร์อีกครั้ง และรวบรวมศัตรูในอดีตของคาเมนไรเดอร์เพื่อปราบทีมซูเปอร์เซ็นไต