ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้เดินทางไปยัง โปเกมอนฮิลล์ และที่นั่น ซาโตชิ ได้พบกับโกเกมอนประหลาด เกโนเซ็กท์ ซึ่งเอาแต่คร่ำครวญว่าอยากกลับบ้าน แต่ขณะที่ซาโตชิพยายามจะสื่อสารกับมันอยู่นั้น พวกเกโนเซ็กท์อีกกลุ่มภายใต้การนำของเกโนเซ็กท์สีแดง ก็ได้ปรากฏตัวขึ้น พวกมันจู่โจมใส่ซาโตชิและเหล่าโปเกมอน แต่มิวทู ได้เข้ามายับยั้งพวกมันได้ทันเวลาแต่ดูเหมือนว่าเกโนเซ็กท์กลุ่มนี้จะไม่ใช่โปเกมอนที่มีเหตุผลนักนวกมันต้องการเปลี่ยนโลกใบนี้ให้เป็นสถานที่ที่มันจากมา ซึ่งนั่นอาจสร้างความเสียหายใหญ่หลวง พวกซาโตชิและมิวทูจะยับยั้งพวกเกโนเซ็กท์ไว้ได้ทันเวลาหรือไม่ ?

ระหว่างที่กำลังเดินทางไปยังเมือง โรชาน ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้พบกับโปเกมอนประหลาด เคลดิโอ ซึ่งกำลังถูกโปเกมอนในตำนาน คิวเร็ม ตามล่าอยู่พวกเขาได้ยื่นมือเข้าช่วยเหลือเคลดิโอ และเข้าไปพัวพันกับการต่อสู้ของเหล่านักรบศักดิ์สิทธิ์โดยไม่รู้ตัว ซาโตชิจะช่วยเคลดิโอและเหล่านักรบศักดิ์สิทธิ์โดยไม่รู้ตัว ซาโตชิจะช่วยเคลดิโอและเหล้านักรบศักดิ์สิทธิ์จากความโกรธกริ้วของ คิวเร็ม ได้หรือไม่ ?

ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้เดินทางมาถึงเมืองไอนต์ออร์ค เมืองซึ่งส้าขึ้นล้อมรอบปราสาทที่เรียกกันว่าปราสาทดาบ พวกได้ร่วมแข่งขันโปเกมอนแบทเทิลในงานประจำปีของเมือง ซึ่งซาโตชิสามารถเอาชนะคู่แข่งได้ด้วยความช่วยเหลือจากโปเกมอนมายา วิคทินี! ซึ่งมีความผูกพันเป็นพิเศษกับตำนานเก่าแก่ของชนเผ่าปฐพีและปราสาทแห่งนี้ ... นอกจาก วิคทินี แล้ว ซาโตชิยังได้พบกับ เดร็ด ชายหนุ่มผู้ถูกเลือกจากโปเกมอนในตำนาน เรชิรัม เดร็ดนั้นพยายามที่จะรวบรวมชนเผ่าปฐพีที่แตกแยกไปอยู่ตามที่ตางๆให้กลับมารวมกันเป็นปึกแผ่น ณ อาณาจักรดั้งเดิมอีกครั้งแต่ภารกิจนี้เขาจะต้องใช้พลังของวิคทินีในการเคลื่อนย้ายปราสาทดาบ โดยหารู้ไม่ว่าการกระทำของเขานั้นจะนำมาซึ่งหายนะ ซาโตชิ พิคาชู เซครอม และเพื่อนๆจะสามารถแก้ไขวิกฤติในครั้งนี้ได้หรือไม่? การผจญภัยที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในแนวทางประวัติศาตร์โปเกมอนกำลังจะเริ่มขึ้นแล้ว!

เด็กหนุ่มใจกล้าผู้ไร้เวทมนตร์พยายามคว้าตำแหน่งจักรพรรดิเวทมนตร์ ขณะที่อดีตจักรพรรดิเวทมนตร์ทั้งสี่ที่โดนเนรเทศ หวนกลับมาถล่มอาณาจักรโคลเวอร์