ฮอนโก ทาเคชิ ถูกลักพาตัวไปโดย “ช็อคเกอร์” องค์กรสุดชั่วร้าย และถูกดัดแปลงเป็นมนุษย์ดัดแปลง ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของแผนการยึดครองโลก ก่อนที่พวกองค์กรร้ายจะล้างสมองให้เขาให้เป็นอาวุธที่ทำตามคำสั่ง เขาก็ได้หนีออกมา และใช้ความสามารถที่ได้รับการดัดแปลงเข้าต่อสู้กับความชั่วร้าย และทำลายล้างองค์กรช็อกเกอร์ ในฐานะ “มาสค์ไรเดอร์”

เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นจากการตรวจพบความผิดปกติบริเวณอ่าวโตเกียว ของเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยชายฝั่ง อันเกิดจากการโจมตีของสิ่งมีชีวิตบางอย่าง จนส่งผลให้เกิดเหตุการณ์น้ำท่วมในระบบ Tokyo Bay Aqua-Line ในเวลาต่อมา แต่เรื่องกลับถูกปกปิด จนกระทั่งหายนะครั้งใหญ่ได้ปะทุรุนแรงขึ้น จากแรงสั่นสะเทือนที่มาพร้อมเสียงคำรามกึกก้องของอสูรกายขนาดมหึมา เริ่มจากชายฝั่งในเขตคามากุระ จังหวัดคานากาว่า ไปจนถึงกรุงโตเกียว เมื่อ ก็อดซิลล่า ตัวใหม่ กลับมาปรากฏตัว และทำให้ญี่ปุ่นทั้งเมืองต้องตกอยู่ในความโกลาหลอีกครั้ง มหันตภัยครั้งร้ายแรงของญี่ปุ่นได้เริ่มขึ้นแล้ว รัฐบาลญี่ปุ่นจากหลากหลายหน่วยงาน ร่วมด้วยความช่วยเหลือจากต่างประเทศจะผนึกกำลังกัน เพื่อรับมือและหยุดยั้งความสูญเสียจากการทำลายล้างของสิ่งมีชีวิตสุดน่ากลัวใน Godzilla Resurgence นี้อย่างไร?