โนบิตะและโดราเอมอนได้เก็บสุนัข และแมวจรจัดมาเลี้ยง เพื่อให้รอดพ้นจากสายตาของแม่ ทั้งสองจึงพามันไปยังยุคกว่า 300 ล้านปีก่อน พร้อมทั้งใช้ปืนเร่งวิวัฒนาการ เพื่อให้สุนัข และแมวสามารถมีชีวิตรอดอยู่ได้ จากนั้นจึงย้อนเวลามาสำรวจอีกครั้ง และพบว่าเมืองของสัตว์ทั้งสองนั้น มีวิวัฒนาการที่เหนือกว่ามนุษย์มาก แต่การมาคราวนี้พวกเขากลับต้องช่วยเหลือเมือง ๆ นี้ให้รอดพ้นจากเงื้อมมือ เนโกจิร่า แมวจอมโลภที่พยายามจะครอบครองเมืองนี้ เพื่อสร้างความมั่งคั่งให้กับตน!

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

ชินเยน แม่ทัพผู้เกรียงไกร กลายเป็นตำนานด้วยหัวใจสำคัญที่ตราไว้บนธงรบของเขาว่า “ปราดเปรียวดุจสายลม สงบนิ่งดุจพงไพร รุนแรงดังเพลิงไหม้ มั่งคงดั่งขุนเขา” เมื่อเขาใกล้สิ้นลมจากบาดแผลสาหัสของสงคราม ชินเยนสั่งให้ลูกน้องของเขาหาใครคนหนึ่งปลอมตัวเป็นตน เพื่อปกปิดการตายของเขาไม่ให้ฝ่ายศัตรูมารุกราน คนผู้ถูกเลือกมาให้เป็นตัวแทนนี้ ถูกเรียกว่า คาเกมูชา (หรือนักรบเงา) ทว่าคาเกมูชาผู้นี้เป็นแค่เพียงโจรถ่อยไร้ศักดิ์ศรี แต่เขากำลังจะพิสูจน์ตนให้กลายเป็นผู้นำที่ยิ่งใหญ่ที่บัญชาการซามูไรผู้ภักดีกว่า 25,000 นายได้ในที่สุด

เกิดอุบัติเหตุในการเดินทางย้อนอดีตไปเกาะมหัศจรรย์จึงเป็นเหตุให้พ่อของโนบิตะย้อนเวลามาในสมัยเป็นเด็ก ๆ รุ่นราวคราวเดียวกันกับโนบิตะ ทั้ง 2 คนพบกัน แต่พ่อของโนบิตะจำอะไรไม่ได้เพราะโดนของวิเศษของโดราเอมอนทำให้ลืมความทรงจำ การผจญภัยในเกาะมหัศจรรย์ และปริศนาด้วงทองคำจึงเริ่มต้นขึ้น และเหตุการณ์ในครั้งนี้ของวิเศษของโดราเอมอนแทบทุกชิ้นอยู่ในการซ่อมบำรุง การผจญภัยในเกาะจึงมีของวิเศษเหลืออยู่ไม่กี่ชิ้นเท่านั้น และแน่นอนว่ามีศัตรูที่หมายปองพลังเหล่านั้นกำลังปรากฏอยู่ด้วย จนนำไปสู่การต่อสู้บทใหม่ที่พิสูจน์มิตรภาพของพวกเขา

เมื่อสลัดอากาศเข้ารุกรานน่านฟ้าเหนือทะเลเอเดรียติก นักบินอิตาลีคนนี้เท่านั้นที่กล้าพอจะต่อกรกับเหล่าร้าย แต่ว่าเขาเป็นครึ่งคนครึ่่งหมูนะ