35 ปีผ่านไปนับตั้งแต่ Lynn Minmay นำสันติภาพระหว่าง Zentradi และมนุษย์ในเหตุการณ์ของ Macross เน็กกิ บาซารา เป็นนักกีตาร์และนักร้องวง Fire Bomber อาศัยอยู่ในส่วนที่ได้รับการพัฒนาน้อยกว่าของอาณานิคมบิน City 7 ซึ่งกำลังมองหาดาวเคราะห์ที่สามารถอยู่อาศัยได้ เขาแต่งและร้องเพลงโดยเชื่อว่าดนตรีมีพลังที่ยิ่งใหญ่กว่า ในระหว่างการบิน เผ่าพันธุ์เอเลี่ยนที่ไม่รู้จักปรากฏตัวขึ้นและเริ่มปิดล้อมเมือง 7 อย่างไรก็ตาม การโจมตีของมันไม่ใช่เรื่องธรรมดา -- แทนที่จะพยายามทำลายพวกมัน กลับขโมยสิ่งที่เรียกว่า "สปิริเทีย" ทำให้เหยื่อไม่ตอบสนองและเหมือนซอมบี้ . ในระหว่างการต่อสู้เหล่านี้ Basara มักจะออกไปกลางเขตสงคราม ร้องเพลงของเขา และคาดหวังให้เพื่อนและศัตรูฟังและประทับใจไปกับเสียงเพลงของเขา

โทกิฮะ ไม นักเรียนแลกเปลี่ยน ได้เข้าเรียนที่โรงเรียนฟูกะ และได้รู้ว่ามีนักเรียนในโรงเรียนแห่งนี้จำนวนมากเป็นพวก ฮิเมะ ซึ่งต้องใช้พลังต่อสู้กับปีศาจและองค์กรที่ชั่วร้ายต่าง ๆ แต่พวกเขาก็ได้รู้ถึงจุดประสงค์ที่แท้จริงเมื่อได้เข้าเรียนที่นี่ คือเพื่อปกป้องโลกและป้องกันสิ่งที่สำคัญที่สุดของพวกเขา ซึ่ง ฮิเมะ ทั้งหมดต้องมาต่อสู้กันเองเพื่อปกป้องคนที่รัก หาก ฮิเมะ คนใดแพ้สิ่งที่ ฮิเมะ ผู้นั้นรักที่สุดก็จะสลายหายไปเรื่องราวจะเป็นอย่างไร ต่อไปขึ้นอยู่กับการตัดสินใจของฮิเมะ

เรื่องราวเริ่มจากเด็กผู้หญิงธรรมดาคนหนึ่ง อายุ 10 ขวบ ชื่อว่า ซากุระ คิโนโมโตะ ได้พบกับหนังสือการ์ดเล่มหนึ่งในห้องทำงานชั้นใต้ดินของพ่อของเธอ และทำการเปิดมันออก เป็นเหตุให้การ์ดทั้งหมดในหนังสือกระจายหายไปตามที่ต่าง ๆ ของเมือง ด้วยเหตุนี้เองทำให้เธอต้องรับผิดชอบโดยการตามหาการ์ดที่หายไปทั้งหมด ซึ่งในการค้นหาการ์ดแต่ละใบนั้นเธอต้องใช้พลังเวทมนตร์ เข้าต่อสู้กับการ์ดก่อนที่จะทำการเปลี่ยนให้การ์ดกลับคืนสู่สภาพเดิม โดยมีผู้ช่วยคือ เคลเบรอส หรือที่รู้จักในชื่อว่า เคโระจัง ซึ่งจะคอยให้คำแนะนำต่าง ๆ เกี่ยวกับการ์ด และ วิธีการใช้การ์ดต่าง ๆ ในตอนที่ 1 เขาได้มอบกุญแจผนึกกับเธอเพื่อใช้ในการต่อสู้และจับการ์ด

ในโลกของมาโดกะนั้นมีสิ่งมีชีวิตลึกลับที่สามารถทำให้ความปรารถนาของเด็กสาวที่ถูกเลือกเป็นจริงขึ้นมาได้ อย่างไรก็ตามเด็กคนนั้นจะต้องกลายมาเป็นสาวน้อยเวทมนตร์ และใช้เวทมนตร์ต่อสู้กับแม่มด สัตว์ประหลาดชั่วร้ายที่เกิดมาจากคำสาปซึ่งทำให้เกิดการฆาตกรรมและการฆ่าตัวตายปริศนา นักเรียนปึสองคานาเมะ มาโดกะ และ เพื่อนของเธอ มิกิ ซายากะ ได้พบกับคิวเบย์ สิ่งมีชีวิตปริศนาและสาวน้อยเวทมนตร์ โทโมเอะ มามิ โดยทั้งสองได้เสนอให้มาโดกะมาเป็นสาวน้อยเวทมนตร์ โดยที่อีกสาวน้อยเวทมนตร์ชื่อ อาเคมิ โฮมูระ พยายามที่จะกีดกันมาโดกะจากการทำสัญญาโดยไม่นานมาโดกะจะได้รู้ว่าการเป็นสาวน้อยเวทมนตร์นั้นมีอะไรมากกว่าที่เห็น

ในช่วงเปลี่ยนศตวรรษ เหล่าทูตสวรรค์กลับมายังโลกเพื่อพยายามล้างมนุษยชาติด้วยความโกรธแค้นที่สิ้นโลก ซากศพสุดท้ายของมนุษยชาติต้องตกตะลึงเพื่อรอวันที่เหล่าทูตสวรรค์จะกลับมาทำงานให้เสร็จ สิบห้าปีต่อมา วันนั้นก็มาถึง... แต่คราวนี้ มนุษยชาติพร้อมที่จะต่อสู้กลับด้วยอาวุธกลไกชีวภาพที่น่าสะพรึงกลัวที่รู้จักกันในชื่อ Evangelions ดู Shinji, Rei, Asuka และหน่วยงานเงาลึกลับที่เหลือ Nerv ต่อสู้เพื่อกอบกู้โลกจากการถูกทำลายล้างทั้งหมด

หลายร้อยปีก่อน มนุษย์เกือบสูญพันธ์เพราะเผ่าพันธุ์ ไททันที่ปรากฏตัวและกินมนุษย์จำนวนมาก จนมนุษย์ที่เหลือรอดเพียงน้อยนิดได้ก่อสร้างกำแพงขนาดใหญ่กว่าพวกอะเบะมาคุ้มครองเมืองตัวเอง ซึ่งพวกไททันที่สูงพียง 3 15 เมตร ไม่สามารถผ่านกำแพงที่สูงร่วม 50 เมตรเข้ามาได้ วันหนึ่งหลังจากผ่านมานานร่วมศตวรรษ ก็มีไททันที่สูงใหญ่กว่ากำแพงและสูงถึง60เมตรและไททันเกราะมาทำลายกำแพงให้ไททันตนอื่นบุกเข้าเมืองชิกันชินะ และไล่กินประชากรในเมือง ทำให้ประชาชนส่วนหนึ่งต้องหนีไปกำแพงชั้นในด้วยความโกลาหล และเกิดการสูญเสียครั้งใหญ่ เอเลน เยเกอร์ ผู้ที่ฝันจะได้เป็นทหารในกองทัพ ในวันที่เกิดเหตุการณ์นั้น เขาได้อยู่ในเหตุการณ์ และได้เห็นแม่ของตนถูกพวกไททันกินต่อหน้าเขาโดยที่ไม่สามารถช่วยเหลือได้ ถึงจะมีชีวิตรอดมาได้ แต่ก็ทำให้เขาเริ่มตระหนักถึงความอ่อนแอของมนุษย์ที่พ่ายแพ้ต่อพวกไททัน และขอสาบานว่าจะกำจัดไททันทุกตนเพื่อแก้แค้นให้เหล่ามนุษยชาติ หลังจากนั้นเขาและพี่สาวบุญธรรม มิคาสะ อัคเคอร์แมน ได้เข้าร่วมกองทัพและฝึกฝนวิชาการต่อสู้ จนเข้าร่วมกองทัพและเตรียมรับมือต่อกรกับพวกไททันที่ครองผืนดินที่เคยเป็นของมนุษย์มาก่อน อีก5ปีต่อมาไททัน60เมตรได้มาทำลายกำแพงเขตทรอสต์และทำให้ไททันบุกเข้ามาอีกครั้ง

เพื่อสานฝันการเป็นฮันเตอร์ในตำนานเหมือนเช่นพ่อของเขา หนุ่มน้อยคนหนึ่งจะต้องผ่านการทดสอบอันเข้มงวดและตามหาพ่อที่หายตัวไปให้ได้