ในค่ำคืนที่มีดสนิทสายลับขององค์กรชุดดำได้เข้ามาขโมยรายชื่อสายลับของตำรวจที่แฝงเข้าไปในองค์กร เธอต้องหลบหนีจากการตามล่าของโทรุ อามุโร่ และอากาอิ ชูอิจิ ระหว่างที่หลบหนีรถที่ธอขับได้พลิกคว่ำตกลงไปในทะเล หลังจากนั้นสายลับของตำรวจก็ค่อย ๆ ถูกกำจัดไปทีละคน ในวันถัดมาโคนัน และเพื่อน ๆ ได้ไปเที่ยวพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ที่นั่นเองโคนันได้เจอกับหญิงสาวที่บาดเจ็บอยู่ แถมยังความจำเสื่อม และมีจุดเด่นคือตา 2 สีอีกด้วย โคนันจึงได้ช่วยหญิงสาวคนนั้นในการเรียกความทรงจำกลับคืนมา ในขณะนั้นเองพวกโคนันก็ถูกเบลม็อทจับตาดูอยู่ หรือว่าแท้จริงแล้วหญิงสาวคนนี้จะเป็นพวกชายชุดดำ จุดประสงค์ของเธอนั้นคืออะไร ชายชุดดำจะถูกเปิดโปงหรือ โคนันจะถูกไล่ลำกันแน่ ความมืดมิดจะเข้าสิงสู่ฝ่ายใดกัน!!??

เรื่องราวที่เกิดขึ้นที่สถานีโทรทัศน์นิชิอุริมีการเกิดระเบิดขึ้นทันควัน ระหว่างการรายงานข่าวการประลองเกมไพ่กลอนประเทศญี่ปุ่น “ซัทสึกิคัพ” ด้านในตึกที่เต็มไปด้วยความระส่ำระสาย ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดสายลับทิศตะวันออก รวมทั้ง โทยามะ ค้างสึฮะ เพื่อนฝูงยุคเด็กของเขาก็อยู่ในสถานที่ที่นี้ด้วย แม้กระนั้นได้ โคนัน เข้าไปช่วยออกมาได้อย่างเฉียดฉิว ดูราวกับว่าคดีนี้จะเป็นฝีมือของผู้ก่อให้เกิดเหตุการณ์ร้ายแรง แต่ทว่าก็ยังไม่มีผู้ใดทราบถึงแรงบันดาลใจของผู้ร้าย เวลาเดียวกันโคนันรวมทั้งเฮย์จิต่างก็รู้สึกแปลกๆถึงคำแถลงข่าวสารคดีระเบิดที่ฟังมองไร้เหตุผล ช่วงเวลาเดียวกันพวกโคนันได้เจอกับ โอโอกะ โมไม่จิ สตรีที่อ้างตัวว่าเป็นเป็นคู่หมั่นของเฮย์จิ เนื่องจากว่าคุณเป็นแชมป์การแข่งขันชิงชัยเกมไพ่กลอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย คุณก็เลยถูกเรียกว่าเป็นราชินีที่แวดวงชิงชัยเกมค้างรุตะ ในเวลาถัดมาหนึ่งในผู้ชนะเลิศซัตสึกิคัพได้ถูกฆาตเกลื่อนกลาดรรมข้างในบ้านสไตล์ประเทศญี่ปุ่นในเมืองอาราชิยามะที่จังหวัดเกียวโต และก็กล้องวงจรปิดก็ถ่ายติดโมไม่จิซึ่งอยู่ในสถานที่เกิดเหตุอีกด้วย

สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งไหม่ในอ่าวโตเกียว ที่มีชื่อว่า "Edge of Ocean" กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่! มีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจ "ZERO" โคนันอดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้ ลายนิ้วมือถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุบ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ แต่ได้เกิดเหตุก่อการร้ายปริศนาพร้อมกันหลายจุดในตัวเมืองโตเกียว โคนัน และตำรวจรักษาความมั่นคงสืบจนได้รู้ว่าวันเปิดการประชุม Summit เป็นวันเดียวกับที่ยานสำรวจไร้มนุษย์ขนาดใหญ่ "หงส์ขาว" เสร็จสิ้นจากภารกิจที่ดาวอังคารและเดินทางกลับสู่โลก สุดท้ายแล้วจะมีอะไรเกิดขึ้นในวัน X Day ที่กำลังใกล้เข้ามากันนะ? แล้วอามุโร่ โทรุ ผู้เต็มไปด้วยปริศนา เป็นมิตรหรือศัตรูกันแน่?

โคนัน รัน และนักสืบโคโกโร่ได้รับเชิญเข้าร่วมงานปาร์ตี้ของสถาปนิกชื่อดัง โมริยะ เทจิ ผู้คลั่งไคล้สถาปัตยกรรมแบบอังกฤษ และชื่นชอบการถอดรหัสคำ หลังจากนั้นโคนันก็ได้รับโทรศัพท์ปริศนาจากชายลึกลับที่ขู่วางระเบิดตามสถานที่ต่างๆ โดยเฉพาะขบวนการรถไฟสายโตโตะซึ่งถูกวางระเบิดถึง 5 ลูก โดยระเบิดจะทำงานเมื่อพระอาทิตย์ลับขอบฟ้า โฉมหน้าของชายลึกลับผู้นี้คือใคร ก่อวินาศกรรมด้วยวัตถุประสงค์ใด โคนันและเพื่อนจะแก้ไขวิกฤติการณ์นี้ได้อย่างไร

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

รัน ไฮบาระ และโคนัน ชวนกันไปอาบน้ำที่โรงอาบน้ำสาธารณะ ซึ่งในโรงอาบน้ำโคนันได้พบกับนักฆ่าระดับตำนาน ด้วยความสงสัยโคนันจึงพยายามเข้าใกล้คนร้ายแต่กลับลื่นล้มหัวฟาดพื้นสลบไป นักฆ่าเห็นท่าไม่ดีและคิดว่าโคนันต้องระแคะระคายอะไรสักอย่างแน่ ๆ จึงนำตัวโคนันออกมาจากโรงอาบน้ำ ระหว่างทางเมื่อโคนันฟื้นขึ้นมา เขากลับไม่เหลือความทรงจำใด ๆ เลย

"กำปั้นสีน้ำเงิน" บลูแซฟไฟร์ขนาดใหญ่ที่สุดในโลกซึ่งจมอยู่ในทะเลแถบสิงคโปร์พร้อมกับเรือโจรสลัดในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ได้ถูกมหาเศรษฐีท้องถิ่นเก็บกู้ขึ้นมา และนำมาอวดโฉมต่อหน้าสาธารณชน แต่กลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นที่มารีน่าเบย์แซนด์ส โดยในที่เกิดเหตุนั้นมีสาส์นเตือนของจอมโจรคิดที่เปื้อนเลือดตกอยู่... ขณะเดียวกัน รันกับโซโนโกะก็เดินทางมาชมการแข่งขันคาราเต้ที่จัดขึ้นที่สิงคโปร์พอดี ส่วนโคนันเดินทางออกนอกประเทศไม่ได้เนื่องจากไม่มีพาสปอร์ต จึงต้องอยู่เฝ้าบ้าน แต่จอมโจรคิดต้องการใช้ประโยชน์จากโคนัน จึงใช้มายากลหลอกล่อพาตัวโคนันมายังสิงคโปร์ แถมยังจับเขาแปลงโฉมใหม่พร้อมกับยึดแว่นตา นาฬิกาข้อมือ และเสื้อผ้าไปหมดอีกด้วย หากไม่ยอมทำตามที่คิดบอก โคนันก็จะไม่สามารถกลับญี่ปุ่นได้ เมื่อถูกรันถามชื่อโดยที่ดูไม่ออกว่าคนที่เธอถามเป็นใคร โคนันจึงโมเมตอบไปว่าชื่ออาเธอร์ ฮิราอิ (!?)

โคนัน รันและลุงโคโกโร่ได้รับคำเชิญจากซึซึกิ โซโนโกะให้ร่วมเดินทาง บนเรือสำราญหรู ทว่ากลับมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้นและยังมีการวางระเบิด อีกต่างหาก การต่อสู้โดยมีชีวิตผู้โดยสารกว่า 600 คนเป็นเดิมพันจึงเริ่ม เปิดฉากขึ้น!

ระหว่างการเดินทางของโคนันกับวงแหวนแห่งโชคชะตา เที่ยวบินระหว่างทางไปฮาโกดาเตะก็พบกับชะตากรรมอันน่าเศร้า นักบินถูกช็อกโกแลตวางยาพิษสาหัส ส่งผลให้เครื่องบินเสียชีวิตอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ แม้ว่าจะพยายามทุกวิถีทางในการลงจอดเครื่องบินอย่างปลอดภัย แต่สภาพของนักบินก็ทำให้พวกเขาไม่สามารถลงจอดได้ การกระทำของโคนันเพื่อช่วยเหลือผู้โดยสารบนเที่ยวบินนั้นไม่แน่นอน ในขณะเดียวกัน โจรก็ครุ่นคิดถึงว่าเขาจะขโมยแหวนแห่งโชคชะตาไปได้สำเร็จหรือไม่ การปะทะกันที่ใกล้จะเกิดขึ้นระหว่างโคแนนกับหัวขโมยสร้างภาระหนักใจให้กับฝ่ายหลัง โจรอดไม่ได้ที่จะสงสัยว่าผลลัพธ์สุดท้ายของการเผชิญหน้าครั้งนี้จะเป็นอย่างไร

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

เมื่อโคนัน และ ”ชูอิจิ อากากิ” ได้รู้ว่าอดีตเจ้าหน้าที่ FBI “อลัน แม็คเคนซี่” ที่ตอนนี้ได้กลายมาเป็นประธานของ WSG จะทำการขึ้นรถไฟขบวนปฐมฤกษ์ ทั้งสองจึงทำการติดตามไปไขข้อสงสัย ในขณะที่น้องสาวของอากาอิ “มาสึมิ เซระ” และแม่ของอากาอิ “แมรี่ เซระ” ก็ได้ทำการติดตามสืบคดีนี้อยู่เช่นเดียวกัน แต่ที่น่าสนใจไปมากกว่านั้น ก็คือการที่น้องชายของอากาอิ “ชูคิจิ ฮาเนดะ” นักเล่นหมากรุกมืออาชีพก็กำลังจะเดินทางจากนาโกย่าไปยังโตเกียว ซึ่งเป็นจุดเริ่มของขบวนรถไฟขบวนนี้เช่นเดียวกัน

โคนัน รันและเหล่าขบวนการนักสืบเยาวชนเดินทางไปยังเมืองหุบเขาหิมะ ในวันเดียวกันนั้นได้เกิดเหตุระเบิดที่รถไฟใต้ดินซึ่งผู้ว่าโตเกียวโดยสาร อยู่ด้วย! เหตุการณ์ในครั้งนี้เกี่ยวข้องกับคดีปริศนาที่เคยเกิดขึ้นเมื่อ 8 ปีก่อนที่เมืองหิมะแห่งนี้ โคนันจะต้องไขคดีและตามหาคนร้ายให้พบ โดยที่มีเวลาในการไขปริศนาเพียง 15 นาทีเท่านั้นก่อนที่ระเบิดจะทำงาน!

พวกโคนันมาพักร้อนกันที่เกาะ ‘โคอุมิ’ ซึ่งกล่าวกันว่ามีพระราชวังใต้ทะเล หรือตำนานแห่งขุมทรัพย์โจรสลัดซุกซ่อนอยู่ใต้มหาสมุทร พวกเขาได้พบกับ เหล่านักล่าสมบัติ แต่กลับเกิดคดีปริศนาขึ้น งานนี้โคนันจึงร่วมมือกับ ไฮบาระ ไอเพื่อสืบหาความจริงในกลุ่มนักล่า

เหตุการณ์ในตอนนี้เริ่มขึ้นที่คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่จ้องเล่นงานเฉพาะนักดนตรี และเหยื่อเคราะห์ร้ายในคดีนี้ก็ล้วนแต่เคยเรียนในสถาบันดนตรีของอดีตนักเปียโนชื่อดังคนหนึ่งทั้งนั้น ระหว่างนั้นพวกโคนันได้รับเชิญไปในงานคอนเสิร์ตเปิดมิวสิคฮอลล์ ซึ่งสร้างขึ้นโดยนักเปียโนคนนั้น จุดเด่นของงานคอนเสิร์ตครั้งนี้ก็คือ "ไปป์ออร์แกน" ที่มีประวัติอันยาวนาน, ไวโอลิน "สตราดิวาเรียส" ที่มีชื่อเสียงระดับโลก และเสียงของนักร้องโอเปราผู้มีพรสวรรค์ แต่เบื้องหลังงานคอนเสิร์ตนี้ดูมีเรื่องเคลือบแคลงน่าสงสัยหลายอย่าง เมื่อถึงวันงานจู่ๆก็เกิดเหตุระเบิดขึ้นอย่างไม่คาดฝัน มุมหนึ่งของมิวสิกฮอลล์กลายเป็นทะเลเพลิงไปในพริบตา นักร้องนำอากิบะ เรย์โกะถูกปองร้าย และนำไปสู่อันตรายที่เกิดขึ้นกับโคนัน

ขณะที่พวกโคนันกำลังชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ก็ได้มีกระสุนปริศนาพุ่งเข้าใส่ร่างชายคนหนึ่ง และจุดที่คนร้ายยิงในทุกคดี ก็มีลูกเต๋าปริศนาพร้อมปลอกกระสุนที่คนร้ายทิ้งปริศนาเอาไว้ ซึ่งผู้ต้องสงสัยอันดับหนึ่งคือ อดีตพลซุ่มยิงของหน่วยซีล แต่ทว่าคดีนี้ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิดอีกต่อไป เมื่อผู้ต้องสงสัยถูกสไนเปอร์อีกคนยิงตาย ประชาชนทั่วญี่ปุ่นกลัวว่าจะเป็นการยิงไม่เลือกหน้า จึงปั่นป่วนไปกันทั่วญี่ปุ่น ดังนั้นกรมตำรวจทั่วญี่ปุ่นและเอฟบีไอ จึงได้ร่วมมือกันสอบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในครั้งนี้ ระหว่างที่โคนันสืบสวนก็ไปสะดุดตาคนร้ายเข้าจึงถูกลอบยิง แต่เซระก็กระโดดไปรับกระสุนแทนจนได้รับบาดเจ็บ ถือว่าดีที่ เซระ ไม่เสียชีวิต

เกิดเหตุการณ์วางระเบิด ณ สนามฟุตบอลในการแข่งขันระหว่างทีมโตเกียวสปิริตส์และบิ๊กโอซาก้า ขณะเดียวกับที่สำนักงานนักสืบโมริได้รับโทรศัพท์ขู่วางระเบิดและ รหัสลับ โคนันจะต้องใช้รหัสปริศนาเหล่านั้นเพื่อไขคดีและหยุดยั้ง ระเบิดให้ได้

‘เกมโคคูน’ ซึ่งมีแต่ผู้ที่ถูกเลือกเท่านั้นที่จะสามารถเล่นได้ กลับกลาย มาเป็นเกมมรณะเมื่อเกิดการฆาตกรรมขึ้นในงานเปิดตัวเกม โคนัน และผองเพื่อนจะต้องเล่นเกมสุดโหดเพื่อจับฆาตกรให้ได้ ไม่อย่างนั้น ทุกคนจะตายและไม่สามารถกลับมาในโลกความจริงได้อีก

“ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน : นิยายรักตำรวจนครบาล คืนก่อนแต่งงาน” เป็นโคนันตอนพิเศษ ที่นำเอาเรื่องราวความสัมพันธ์ระหว่าง “ทาคางิ-ซาโต้” มาสรุปรวมใหม่ และภายในตอนจะมีการใช้ภาพแบบรีมาสเตอร์ สัดส่วน 16:9 (Widescreen) ตลอดทั้งตอน / โดยในประเทศไทยจะแบ่งออกอากาศทั้งหมดด้วยกัน 4 พาร์ท และเนื้อหาในแต่ละตอนจะมีความเชื่อมโยงกันกับเดอะมูฟวี่ 25

โมริ โคโกโร่และพวกโคนันต้องเดินทางไปยังโอซาก้าเพื่อปกป้อง ‘อิมพีเรียล อีสเตอร์’ สมบัติล้ำค่าของกษัตริย์รัสเซียที่กำลังจะถูกขโมยโดยจอมโจรคิด ทว่าของล้ำค่านั้นกลับค่อยๆ เผยความลับที่น่าอัศจรรย์ขึ้น นำไปสู่การผจญภัยสุดตื่นเต้นและการต่อสู่สุดเร้าใจ

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

‘ซึซึกิ จิโรคิจิ’ (ลุงของโซโนโกะ) ชนะการประมูลผลงานเลื่องชื่อของ ‘แวนโก๊ะ’ เป็นภาพวาดดอกทานตะวันที่เคยมอดไหม้ไปพร้อมไฟสงครามที่ญี่ปุ่น ต่อมา ‘ซึซึกิ’ ได้ประกาศผ่านโทรทัศน์ว่ามีการจัดนิทรรศการภาพวาดโดยจะนำมาจัดแสดงภาพวาดอกทานตะวันนี้ถึง 7 ภาพ นับเป็นครั้งแรกของโลก ภายในหอศิลป์ ‘เรย์คล็อก’ ที่มีระบบรักษาความปลอดภัยสูง แล้วได้เรียกตัวผู้คุ้มกันระดับหัวกะทิที่ถูกขนานนามว่า ‘กลุ่มซามูไรทั้ง 7’ ให้มาดูแลหนึ่งในนั้นมี ‘โมริ โคโกโร่’ ด้วย ทว่าระหว่างการเตรียมงานนิทรรศการมีการขนภาพวาดดอกทานตะวันทางอากาศจากนิวยอร์กมายังญี่ปุ่น ‘จอมโจรคิด’ ได้กระทำการอุกอาจจนเกือบทำให้ผู้โดยสารถึงแก่ชีวิต มีคนพบเห็น คุโด้ ชินอิจิ ในงาน และเกิดความวุ่นวายเพิ่มขึ้นทุกขณะ แต่การแสดงภาพยังคงเดินหน้าต่อไป ปมปริศนาที่ก่อตัวขึ้นล้วนทำให้ ‘โคนัน’ กังขาถึงความจริงว่า ใครกัน!? คือผู้ชักใยอยู่เบื้องหลังภาพวาดดอกทานตะวันนี้ หากโคนันไม่สามารถไขคดีได้นั่นนั่นหมายถึงประวัติศาสตร์โลกต้องถูกเปลี่ยนหน้าไปตลอดกาล

เมื่อชิบูย่า กรุงโตเกียว ที่กำลังคึกคักในช่วงเทศกาลฮาโลวีน งานแต่งงานที่กำลังจะจัดขึ้นที่ ชิบุยะ ฮิคาริเอะ โดยที่มิวาโกะ ซาโต้ ที่อยู่ในชุดแต่งงาน ขณะที่โคนันและแขกรับเชิญคนอื่น ๆ จู่ ๆ ผู้ก่อการร้ายกลุ่มหนึ่งก็บุกเข้ามา และวาตารุ ทาคางิ ซึ่งพยายามปกป้องซาโต้ เจ้าสาวของเขา จนได้รับบาดเจ็บจากเหตุการณ์นี้ !!! และทุกอย่างดันเชื่อมโยงไปกับมือวางระเบิดที่ได้หลบหนีออกจากเรือนจำ นี่เป็นเรื่องบังเอิญจริง ๆ เหรอ?

เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องซึ่งผู้ตายทั้งหมดมีหนังสือ กิเคคิ ไว้ครอบครอง หนึ่งฆาตกรในกลุ่มโจรได้ขโมยพระเก็นจิโบตารุทิ้งปริศนาเพื่อใช้ค้นหาพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน ทำให้โคนันต้องมาคลี่คลายคดีนี้ขณะที่ ฮัตโตริ นักสืบโอซาก้า ก็มาร่วมงานด้วยเพราะต้องการที่จะมาหาหญิงสาวที่เป็นที่รักแรกฮัตโตริคิดว่าเธอคือเจ้าของอัญมณีสีขาวที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร

โมริ โคโกโร่ได้รับเชิญให้ร่วมสืบคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่เกิดขึ้นกับผู้ เคราะห์ร้าย 6 รายตามจังหวัดต่างๆ แต่เมื่อโคโกโร่กำลังประชุมเรื่องคดี อยู่นั้น โคนันกลับเห็นนายตำรวจคนหนึ่งขึ้นรถของ ‘ยิน’ หนึ่งในองค์กร- ชายชุดดำไป! งานนี้โคนันจึงต้องไขคดีที่อาจสาวไปถึงตัวเหล่าชายชุดดำ ให้จงได้

มิยาโนะ ชิโฮะ นักวิทยาศาสตร์และสมาชิกขององค์กรชุดดำที่มีโค้ดเนมว่า เชอร์รี่ ได้พัฒนายาพิษลึกลับ APTX (Apotoxin) 4869 ยาที่ทำให้ คุโด้ ชินอิจิ กลายเป็นเด็ก! อย่างไรก็ตาม เมื่อเชอร์รี่รู้ว่าองค์กรชุดดำได้สังหาร มิยาโนะ อาเคมิ พี่สาวของเธอ เธอจึงทรยศต่อองค์กรและ กินยา APTX4869 เธอจึงกลายเป็นเด็กเพราะฤทธิ์ของยา และตอนนี้เธอเรียกตัวเองว่า ไฮบาระ ไอ และได้ปกปิดซ่อนตัวเองเอาไว้

Episode ONE เดอะมูฟวี่ภาคพิเศษที่สร้างขึ้นเพื่อฉลองครบรอบ 20 ปี การ์ตูนยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ที่จะพาแฟนๆ ย้อนกลับไปเจาะลึกเหตุการณ์ และยาพิษปริศนาขององค์กรชุดดำ ที่ทำให้คุโด้ ชินอิจิ นักสืบม.ปลาย ต้องกลายเป็น เอโดงาวะ โคนัน นักสืบประถมรุ่นจิ๋วอีกครั้ง

สึซึกิ จิโรคิจิเชิญชวนโคนัน กลุ่มนักสืบหนุ่ม และคนอื่นๆ ให้ไปเยี่ยมชมเรือเหาะเบสทรี เรือเหาะลำนี้ซึ่งใหญ่ที่สุดในโลก ตั้งอยู่เหนือเมืองโอซาก้า และทัวร์นี้ใช้เวลาประมาณแปดชั่วโมง เลดี้ออฟเดอะสกายซึ่งเป็นอัญมณีล้ำค่าก็อยู่บนเรือเหาะเช่นกันและเป็นเป้าหมายของหัวขโมยที่ฉาวโฉ่ ที่เลวร้ายยิ่งกว่านั้น กลุ่มผู้ก่อการร้ายแมวสยามแดงก็มีแผนที่จะยึดเรือเหาะลำนี้เพื่อวัตถุประสงค์ของตนเอง ตัวตนของผู้กระทำผิดยังคงเป็นปริศนา และมันก็ขึ้นอยู่กับโคนันที่จะคลี่คลายคดีและเปิดเผยตัวตนของผู้กระทำความผิด ไม่ว่าจะเป็นผู้ลักพาตัวหรือแมวสยามแดง

ในเมืองฮาโกะดาเตะ, ฮอกไกโด จอมโจรคิดได้ส่งสารเพื่อประกาศการปล้นอีกครั้ง โดยเป้าหมายคือดาบญี่ปุ่นที่เกี่ยวข้องกับนักรบในอดีต โทชิโซ ฮิจิกาตะ รองหัวหน้ากลุ่มชินเซ็นกุมิ ขณะเดียวกัน โคนัน และเพื่อน ๆ รวมทั้ง ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดนักสืบฝั่งตะวันตก ก็อยู่ที่เมืองฮาโกะดาเตะ เพื่อเข้าชมการแข่งขันเคนโด้ ต้องเผชิญหน้ากับสถานการณ์การปล้นเหนือเมฆครั้งใหม่ เหตุใดจอมโจรคิดถึงได้สนใจดาบเก่าแก่เล่มนี้กันนะ ปริศนามากมายถาโถมเข้ามาอีกครั้ง ความลับของดาบเล่มนี้คืออะไรกันแน่ ร่วมไขคดีที่มีฉากหลังเป็นทิวทัศน์ระดับร้อยลานดอลลาร์ไปพร้อมกัน!