ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้มาเจอกับ คณะมารีน่าโชว์โปเกมอนใต้น้ำและ แจ็คกี้ ซึ่งเป็นโปเกมอนเรนเจอร์ มีหน้าที่ปกป้องเหล่าโปเกมอนแจ็คกี้ มาทำภารกิจนำไข่ของ เจ้าชายแห่งท้องทะเลกลับไปยังวิหารใต้ทะเล โดยมีโจรสลัด แฟนท่อม ตามไล่ล่าหมายจะชิงไข่นี้และแล้วไข่ก็ฟักตัวออกมาเป็น มานาฟี่โปเกมอนที่จะสามารถนำไปยังวิหารใต้ทะเล ในคืน ราหูอมจันทร์

ตัวภาพยนตร์เป็นการดัดแปลงจากเนื้อเรื่องกินทามะในภา คเบนิซากุระ ซึ่งเป็นเหตุการณ์ ว่าด้วยการปฏิบัติการสุดโหดของ " ทาคาสุงิ ชินสุเกะ " พร้อมด้วย " โอคาดะ นิโซ " เป็นตอนที่ว่าด้วยความรักในวิชาชีพ วิชาที่ตัวเองรัก และอยากเป็นหนึ่งในวิชาชีพของตนชาชีพที่ว่านี้ คือการตีดาบ ซึ่งการเป็นหนึ่งในวิชาชีพตีดาบนั้น ก็ต้องตีดาบที่สามารถฆ่าคนได้ อย่างมีประสิทธิภาพ ยิ่งมุ่งมั่นก็ยิ่งถลำลึก จนตกเป็นเครื่องมือของคนชั่ว (คนหนึ่งต้องการเป็นหนึ่งในวิถีตีดาบ ส่วนอีกคนต้องการเป็นหนึ่งในวิถีฟันดาบล้วนแต่เป็นวิ ถีฆ่าคนทั้งนั้น) แล้ว อยู่ๆ คาซึระถูกคนของกองทหารอสุราลอบทำร้ายจนได้รับบาดเจ็บ สาหัสทั้งที่เคยเป็น เพื่อนกับเขาและกินโทกิในสมัยเด็ก เหล่านักรับจ้างสารพัดจึงออกสืบหาต้นตอของเรื่องราวท ั้งหมดและคุณชายกินจะ หยุดหยั้งความถลำลึกนี้ได้อย่างไร ต้องติดตาม....

ขณะที่กำลังนับถอยหลังการล่มสลายของโลก กินโทกิ, ทาคาสุงิ, คาซึระซึ่งเคยเป็นพันธมิตรกันมาก่อนต่างก็มีความรู้สึกอยู่ในใจ แต่ผู้ที่ยืนตระหง่านอยู่เบื้องหน้าพวกเขา คือคนที่มีสายสัมพันธ์อันน่าเศร้า... อาจารย์ผู้สั่งสอนพวกกินโทกิ อีกบุคลิกหนึ่งของโยชิกะ โชโย “อุทสึโระ” นั่นเอง— เพื่อคุ้มกันพวกกินโทกิ ชินปาจิ, คางุระ, ชินเซ็นกุมิ และผู้คนในคาบุกิโจ หรือแม้กระทั่งพวกอดีตคู่แข่งต่างก็เข้าร่วมการต่อสู้! พลังของอุทสึโระที่ขยายขึ้นเรื่อยๆ ทาคาสุงิที่เผชิญหน้าโดยเดิมพันชีวิตตัวเอง สิ่งสุดท้ายที่กินโทกิซึ่งสะบักสะบอมเห็นนั้นคือ...! สุดท้ายแล้วกินโทกิจะเอาทุกอย่างกลับคืนมาได้หรือไม่...!

ด้วย "พลังนั้น" กินโทกิถูกส่งไปยังอนาคตที่เขาไม่มีตัวตนแล้ว และเป็นที่ที่เขาพบกับเมืองเอโดะที่ล่มสลายไปแล้ว ซึ่งถูกปล่อยให้เสื่อมโทรมและแทบจะไม่เป็นชิ้นดี กลุ่มต่อต้านชาวต่างชาติก็ถือโอกาศยึดอำนาจของรัฐบาล ถึงแม้ว่าเหล่าอันธพาลและอาชญากรจะหนีออกไปได้ และได้เปรียบจากความไร้กฎเกณต์ของเมือง แต่ก็ยังมีบางคนที่กล้าพอที่จะยืนหยัดต่อสู้กับพวกนั้น ในระหว่างที่กินโทกิเร่ร่อนไปเรื่อย เขาก็พบกับเด็กสองคน คนหนึ่งสะพายดาบไม้ "แม่น้ำโทยะ" ที่เอว ซึ่งปรากฎตัวอย่างน่าทึ่งด้วยการปราบกลุ่มอันธพาลในพริบตาเดียว และที่มากับเด็กหนุ่มคนนั้น คือเด็กสาวสวยในชุดจีนที่มีลายเดียวกันกับชุดประจำของกินโทกิ ซึ่งมาพร้อมกับสุนักตัวมหึมา ทั้งสองคนนั้นคือ ชินปาจิ และคากุระ ตอนโตเป็นผู้ใหญ่ นั่นทำให้กินโทกิพบว่า สภาพในอนาคตได้เปลี่ยนไปโดยสิ้นเชิง และความจริงที่น่าตกใจนี้ก็ปรากฎขึ้นต่อหน้าเขา