นักเรียนไฮสคูลคนหนึ่งได้ครอบครองสมุดบันทึกลึกลับที่ตกลงมาจากฟ้า และพบว่าเขามีอำนาจที่จะฆ่าใครก็ได้ โดยเพียงแค่เขียนชื่อคนๆ นั้นลงไปในสมุดเล่มนี้

"ลิโกะ" เทรนเนอร์มือใหม่จากภูมิภาคพัลเดีย ได้เข้าเรียนที่สถาบันอินดิโกในคันโต ซึ่งเธอได้เลือกเนียวฮะมาเป็นคู่หู ไม่ทันไร!! ลิโกะ ก็ถูกทีมเอกซ์พลอเรอร์ (Explorers) แย่งจี้ห้อยคอที่เธอได้รับจากคุณยายของเธอไป แต่ก็ได้รับการช่วยเหลือจากกลุ่ม Rising Volt Tacklers ทำให้ลิโกะได้ร่วมผจญภัยไปกับพวกเขา ระหว่างแวะพักบนเกาะแห่งหนึ่งในคันโต กลุ่ม Rising Volt Tacklers ได้พบกับเด็กชายที่ชื่อ รอย ซึ่งเขาก็มีโฮเกเตอร์ที่ได้เดินทางมาด้วยกันเป็นคู่หู นอกจากนี้ รอยยังได้เข้าร่วมทีม Rising Volt Tacklers เพื่อค้นหาโปเกมอนในตำนาน อย่างเรย์ควาซา ที่ออกมาจากโปเกบอลโบราณของเขา ที่เขาได้รับจากปู่ รวมถึงสำรวจโลกอันแสนกว้างใหญ่นี้อีกด้วย ในระหว่างการผจญภัย ลิโกะและรอย ได้เรียนรู้หลายอย่าง เช่น วิธีใช้ไอเท็ม มิตรภาพของพวกพ้อง และตนเอง ทั้งนี้เพื่อมุ่งไปสู่การเป็นโปเกมอนเทรนเนอร์นั้นเอง

เอ็ดเวิร์ด และ อัลฟองเส่ เอลริค สองพี่น้องตระกูลเอลริค ต้องสูญเสียแม่ที่รักไปอย่างกะทันหันด้วยโรคระบาด ทั้งคู่จึงตัดสินใจใช้วิชาแปรธาตุในการ “ชุบชีวิตมนุษย์” ซึ่งถือเป็นวิชาต้องห้ามของการเล่นแร่แปรธาตุ เพื่อคืนชีวิตให้กับแม่ ของตน แต่ เอ็ดและอัลต้องจ่ายค่าผ่านทางในการรับรู้แก่นแท้โดยแลกด้วยร่างกาย เอ็ดจ่ายด้วยขา ส่วนอัลจ่ายด้วยร่างกายทั้งหมด เอ็ดพบว่าร่างของน้องชายหายไปทั้งหมด จึงจ่ายด้วยแขนและดึงวิญญาณของน้องชายผนึกไว้ในชุดเกราะด้วยตราโลหิต พันเอก รอย มัสแตง แห่งกองทัพทราบเรื่องเห็นว่าเอ็ดมีฝีมือถึงขนาดสามารถผนึกวิญญาณได้ จึงเสนอให้เอ็ดเข้าเป็น “นักเล่นแร่แปรธาตุของทางการ” เอ็ดได้ตอบตกลงเข้านักเล่นแร่แปรธาตุของทางการ ได้ฉายาว่า นักเล่นแร่แปรธาตุเหล็กไหล เขาได้เริ่มออกตามหาศิลานักปราชญ์ ศิลาวิเศษณ์ที่ทำให้เขาสามารถใช้พลังการแปรธาตุที่อยู่เหนือกฎเกณฑ์การแลกเปลี่ยนที่ทัดเทียม เพื่อค้นหาวิธีคืนร่างเดิม

นักเวทย์ฟรีเรนออกผจญภัยกับพวกของผู้กล้าฮิมเมลนานนับ 10 ปี พวกเขากำจัดจอมมารและนำความสงบสุขกลับคืนสู่โลก เธอสัญญาว่าจะกลับมาพบกันพวกฮิมเมลอีกครั้ง 50 ปีต่อมาฟรีเรนได้กลับมาพบกับฮิมเมลอีกครั้ง ทว่าฮิมเมลก็แก่ชราลงเมื่อเทียบกับฟรีเรนที่ไม่เปลี่ยนแปลงไป หลังจากนั้นฮิมเมลเสียชีวิต เธอตระหนักว่าทื่ผ่านมาตัวเธอไม่ได้เข้าใจมนุษย์สักเท่าไหร่ เธอรู้สึกเสียใจกับเรื่องนั้นและออกเดินทาง "เพื่อรู้จักมนุษย์"

ซงจีฮยอน (ทาคาโมโตะ อาโออิ) ศัลยแพทย์มือฉมังที่ตั้งใจทุ่มเทชีวิตนี้ช่วยเหลือผู้คน เพื่อชดใช้ความผิดจากอดีตชาติในอีกโลกหนึ่งที่เคยเป็น เอลิเซ่ จักรพรรดินีที่นิสัยร้ายกาจจนถูกตัดสินประหารชีวิต วันหนึ่งเครื่องบินที่เธอนั่งเกิดเหตุระเบิด ทำให้มาอยู่ในร่างของเอลิเซ่ เธอตั้งใจแก้ไขสิ่งที่เกิดขึ้นและช่วยผู้คนด้วยความรู้ทางแพทย์ที่ติดตัวมาจากชาติก่อน