เมื่อซูเนโอะซื้อ "หุ่นยนต์สัตว์เลี้ยง" มาอวด ทำให้โนบิตะอยากจะได้มาเล่นบ้าง และทางเดียวที่ทำได้ก็คือ การขอความช่วยเหลือจากโดราเอมอน และเมื่อโดราเอมอนเอาของวิเศษที่ชื่อว่า "ช้อปปิ้งจากอนาคต" มาใช้ โนบิตะก็ได้ของที่เขาต้องการทันที! แต่ทันใดนั้นเอง!! ถนนทั่วทุกแห่งก็เต็มไปด้วยหุ่นยนต์ ซึ่งหนึ่งในนั้นก็คือ โปโกะ - หุ่นยนต์เด็กจากมิติอื่น ซึ่งได้รับบาดเจ็บและต้องการความช่วยเหลืออย่างเร่งด่วน! โดราเอมอนกับเพื่อนๆ จึงต้องเดินทางไปยัง "ดินแดนหุ่นยนต์" ที่ซึ่งจักรพรรดินีผู้ชั่วร้ายได้สั่งให้เอาส่วนควบคุมอารมณ์ออกไปจากหุ่นทุกตัว ซึ่งจะทำให้พวกมันกลายเป็นเพียงเครื่องมือชิ้นหนึ่งที่ไม่มีจิตใจเท่านั้น โดราเอมอนจึงต้องงัดเอาของวิเศษออกมาช่วยเหลือดินแดนของโปโกะให้จงได้...

โมริ โคโกโร่และพวกโคนันต้องเดินทางไปยังโอซาก้าเพื่อปกป้อง ‘อิมพีเรียล อีสเตอร์’ สมบัติล้ำค่าของกษัตริย์รัสเซียที่กำลังจะถูกขโมยโดยจอมโจรคิด ทว่าของล้ำค่านั้นกลับค่อยๆ เผยความลับที่น่าอัศจรรย์ขึ้น นำไปสู่การผจญภัยสุดตื่นเต้นและการต่อสู่สุดเร้าใจ

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

เหล่ากลุ่มโจรสลัดหมวกฟางที่นำทีมโดย ลูฟี่ ได้แล่นเรือโกอิ้งแมรี่ของพวกเขาผ่านเส้นแกรนไลน์ ซึ่งพวกเขาได้พบกับเกาะที่กำลังโผล่ขึ้นมา แต่กว่าที่พวกเขาจะรู้ตัวก็ได้พบว่าเรือโกอิ้งแมรี่นั้นได้อยู่บนเกาะนั้นเสียแล้ว แผนที่ของนามิได้บอกไว้ว่าเกาะนี้คือเกาะคราวที่มีสิ่งอันล้ำค่าในตำนานได้ซ่อนไว้ ลูฟี่และเพื่อนๆจึงได้ออกตามหาของในตำนาน