เมื่อโลกเข้าสู่ยุคอนาคต เทคโนโลยีใหม่อย่างเครื่องกลเหิรฟ้า IS Infinite Stratos ได้เป็นอุปกรณ์ที่ใช้ได้เฉพาะผู้หญิงเท่านั้น การใช้ IS ของอิจิกะและสาวน้อยทั้ง 5 คนได้ผ่านพ้นไปอย่างดุเดือดในภาคแรก ภาคสองก็จะปะทุขึ้นอีกครั้งด้วยตัวละครใหม่และภาระกิจครั้งใหม่ !

เรื่องราวชีวิตของสองพี่น้องฝาแฝด ฮิเมโนะโควจิ อากิโตะ (พี่ชาย) และ ฮิเมโนะโควจิ อากิโกะ (น้องสาว) ผู้เป็นน้องสาวนั้น…! มีความรักที่ให้กับพี่ชายเกินคำว่า “พี่น้อง” และเธอก็ยังต้องคอยสู้กับสาวๆที่มาเกี่ยวพันกับพี่ชายเธออีกด้วย

ฮาโทริ จิเสะ เด็กสาวที่สูญเสียคนในครอบครัวจนไม่เหลือใคร เธอจึงเลือกขายตนเป็นทาสในตลาดมืด จนได้รับการซื้อตัวไว้โดยจอมเวท เอเลียส ไอนส์เวิร์ธ ผู้ที่ให้เธอเป็นทั้งลูกศิษย์และคู่หมั้นของเขา เขาได้พาเธอมายังดินแดนที่เวทมนตร์มีจริง แตกต่างจากโลกที่เธอเคยอาศัยอยู่และได้ใช้ชีวิตใหม่ที่ต่างจากเดิมในคฤหาสถ์ของไอนส์เวิร์ธ

ยูเกะ อิตสึกิ นักเรียนหนุ่มที่เสียครอบครัวและอาศัยกับลูกพี่ลูกน้อง มาฮิรุ วันหนึ่งเธอเรียกเขามา เพื่อบอกว่าเธอกำลังตั้งท้อง ระหว่างนั้น ทั้งสองถูกส่งมาในโลก Granvania ที่พวกมอนสเตอร์ที่มี มลทิน ก่อความเดือดร้อน อิตสึกิสามารถเดินทางไปในดันเจี้ยนเพื่อต่อสู้กับพวกนั้นได้ เขาต้องหว่านเสน่ห์กับมิโกะแห่งดวงดารา 12 คน เพื่อสร้างเด็กแห่งดวงดาว โดยผสมพลังงานของชายหญิงเข้าด้วยกัน (ไม่มีเพศสัมพันธ์) เด็กที่ถือกำเนิดจะได้พลังของพ่อกับแม่รวมกัน (เช่น นักรบ + เวท = นักรบเวท) ใช้ในการต่อสู้กับพวกศัตรู และเป็นหนทางเดียวที่เขาจะกลับสู่โลกเดิมได้

หลายร้อยปีก่อน มนุษย์เกือบสูญพันธ์เพราะเผ่าพันธุ์ ไททันที่ปรากฏตัวและกินมนุษย์จำนวนมาก จนมนุษย์ที่เหลือรอดเพียงน้อยนิดได้ก่อสร้างกำแพงขนาดใหญ่กว่าพวกอะเบะมาคุ้มครองเมืองตัวเอง ซึ่งพวกไททันที่สูงพียง 3 15 เมตร ไม่สามารถผ่านกำแพงที่สูงร่วม 50 เมตรเข้ามาได้ วันหนึ่งหลังจากผ่านมานานร่วมศตวรรษ ก็มีไททันที่สูงใหญ่กว่ากำแพงและสูงถึง60เมตรและไททันเกราะมาทำลายกำแพงให้ไททันตนอื่นบุกเข้าเมืองชิกันชินะ และไล่กินประชากรในเมือง ทำให้ประชาชนส่วนหนึ่งต้องหนีไปกำแพงชั้นในด้วยความโกลาหล และเกิดการสูญเสียครั้งใหญ่ เอเลน เยเกอร์ ผู้ที่ฝันจะได้เป็นทหารในกองทัพ ในวันที่เกิดเหตุการณ์นั้น เขาได้อยู่ในเหตุการณ์ และได้เห็นแม่ของตนถูกพวกไททันกินต่อหน้าเขาโดยที่ไม่สามารถช่วยเหลือได้ ถึงจะมีชีวิตรอดมาได้ แต่ก็ทำให้เขาเริ่มตระหนักถึงความอ่อนแอของมนุษย์ที่พ่ายแพ้ต่อพวกไททัน และขอสาบานว่าจะกำจัดไททันทุกตนเพื่อแก้แค้นให้เหล่ามนุษยชาติ หลังจากนั้นเขาและพี่สาวบุญธรรม มิคาสะ อัคเคอร์แมน ได้เข้าร่วมกองทัพและฝึกฝนวิชาการต่อสู้ จนเข้าร่วมกองทัพและเตรียมรับมือต่อกรกับพวกไททันที่ครองผืนดินที่เคยเป็นของมนุษย์มาก่อน อีก5ปีต่อมาไททัน60เมตรได้มาทำลายกำแพงเขตทรอสต์และทำให้ไททันบุกเข้ามาอีกครั้ง