หลายร้อยปีก่อน มนุษย์เกือบสูญพันธ์เพราะเผ่าพันธุ์ ไททันที่ปรากฏตัวและกินมนุษย์จำนวนมาก จนมนุษย์ที่เหลือรอดเพียงน้อยนิดได้ก่อสร้างกำแพงขนาดใหญ่กว่าพวกอะเบะมาคุ้มครองเมืองตัวเอง ซึ่งพวกไททันที่สูงพียง 3 15 เมตร ไม่สามารถผ่านกำแพงที่สูงร่วม 50 เมตรเข้ามาได้ วันหนึ่งหลังจากผ่านมานานร่วมศตวรรษ ก็มีไททันที่สูงใหญ่กว่ากำแพงและสูงถึง60เมตรและไททันเกราะมาทำลายกำแพงให้ไททันตนอื่นบุกเข้าเมืองชิกันชินะ และไล่กินประชากรในเมือง ทำให้ประชาชนส่วนหนึ่งต้องหนีไปกำแพงชั้นในด้วยความโกลาหล และเกิดการสูญเสียครั้งใหญ่ เอเลน เยเกอร์ ผู้ที่ฝันจะได้เป็นทหารในกองทัพ ในวันที่เกิดเหตุการณ์นั้น เขาได้อยู่ในเหตุการณ์ และได้เห็นแม่ของตนถูกพวกไททันกินต่อหน้าเขาโดยที่ไม่สามารถช่วยเหลือได้ ถึงจะมีชีวิตรอดมาได้ แต่ก็ทำให้เขาเริ่มตระหนักถึงความอ่อนแอของมนุษย์ที่พ่ายแพ้ต่อพวกไททัน และขอสาบานว่าจะกำจัดไททันทุกตนเพื่อแก้แค้นให้เหล่ามนุษยชาติ หลังจากนั้นเขาและพี่สาวบุญธรรม มิคาสะ อัคเคอร์แมน ได้เข้าร่วมกองทัพและฝึกฝนวิชาการต่อสู้ จนเข้าร่วมกองทัพและเตรียมรับมือต่อกรกับพวกไททันที่ครองผืนดินที่เคยเป็นของมนุษย์มาก่อน อีก5ปีต่อมาไททัน60เมตรได้มาทำลายกำแพงเขตทรอสต์และทำให้ไททันบุกเข้ามาอีกครั้ง

35 ปีผ่านไปนับตั้งแต่ Lynn Minmay นำสันติภาพระหว่าง Zentradi และมนุษย์ในเหตุการณ์ของ Macross เน็กกิ บาซารา เป็นนักกีตาร์และนักร้องวง Fire Bomber อาศัยอยู่ในส่วนที่ได้รับการพัฒนาน้อยกว่าของอาณานิคมบิน City 7 ซึ่งกำลังมองหาดาวเคราะห์ที่สามารถอยู่อาศัยได้ เขาแต่งและร้องเพลงโดยเชื่อว่าดนตรีมีพลังที่ยิ่งใหญ่กว่า ในระหว่างการบิน เผ่าพันธุ์เอเลี่ยนที่ไม่รู้จักปรากฏตัวขึ้นและเริ่มปิดล้อมเมือง 7 อย่างไรก็ตาม การโจมตีของมันไม่ใช่เรื่องธรรมดา -- แทนที่จะพยายามทำลายพวกมัน กลับขโมยสิ่งที่เรียกว่า "สปิริเทีย" ทำให้เหยื่อไม่ตอบสนองและเหมือนซอมบี้ . ในระหว่างการต่อสู้เหล่านี้ Basara มักจะออกไปกลางเขตสงคราม ร้องเพลงของเขา และคาดหวังให้เพื่อนและศัตรูฟังและประทับใจไปกับเสียงเพลงของเขา

ซากาอิ ยูจิ นักเรียนมัธยมปลายผู้มีความปรารถนาที่จะมีชีวิตที่ปราศจากความวุ่นวายใดๆ ระหว่างทางกลับบ้านจากโรงเรียนเขาประสบกับสิ่งที่อธิบายไม่ได้ สภาพแวดล้อมรอบตัวเขาหยุดลงอย่างกะทันหัน และผู้คนที่อยู่ในบริเวณใกล้เคียงก็ถูกกลืนหายไปในเปลวไฟสีน้ำเงิน เขาต้องประหลาดใจเมื่อปีศาจที่มีรูปร่างคล้ายตุ๊กตาขนาดมหึมาสูดเปลวไฟเข้าไป ยูจิเกือบจะถูกปีศาจกลืนกินไปแล้ว เมื่อมีผู้หญิงคนหนึ่งซึ่งสวมชุดคลุมสีดำ กวัดแกว่งดาบ และมีผมสีแดงและดวงตาที่ลุกเป็นไฟราวกับไฟ ปรากฏตัวขึ้นเพื่อช่วยเหลือเขา ผู้หญิงคนนี้แนะนำตัวเองว่าเฟลมเฮซ

ฮิมุระ เคนชิน อดีตมือสังหารของคณะปฏิวัติเจ้าของฉายา "มือพิฆาตบัตโตไซ" ได้วางดาบ กลายเป็นซามูไรพเนจรธรรมดาๆ จวบจนได้มาพบกับครูฝึกดาบสาวของสำนักคามิยะคัตชินริว คามิยะ คาโอรุ ผู้ซึ่งทำให้เขารู้สึกสบายใจและหยุดการเดินทางที่ไร้จุดหมายลงได้ หลังจากการพำนักอยู่กับคาโอรุ เคนชินต้องเข้าไปมีส่วนเกี่ยวข้องเหตุการณ์มากมายและได้พบกับ ซางาระ ซาโนสุเกะ, เมียวยิน ยาฮิโกะ, ทากานิ เมกุมิ รวมถึงชิโนโมริ อาโอชิ และกลุ่มโอนิวาบังชู

หลายร้อยปีก่อน มนุษย์เกือบสูญพันธ์เพราะเผ่าพันธุ์ ไททันที่ปรากฏตัวและกินมนุษย์จำนวนมาก จนมนุษย์ที่เหลือรอดเพียงน้อยนิดได้ก่อสร้างกำแพงขนาดใหญ่กว่าพวกอะเบะมาคุ้มครองเมืองตัวเอง ซึ่งพวกไททันที่สูงพียง 3 15 เมตร ไม่สามารถผ่านกำแพงที่สูงร่วม 50 เมตรเข้ามาได้ วันหนึ่งหลังจากผ่านมานานร่วมศตวรรษ ก็มีไททันที่สูงใหญ่กว่ากำแพงและสูงถึง60เมตรและไททันเกราะมาทำลายกำแพงให้ไททันตนอื่นบุกเข้าเมืองชิกันชินะ และไล่กินประชากรในเมือง ทำให้ประชาชนส่วนหนึ่งต้องหนีไปกำแพงชั้นในด้วยความโกลาหล และเกิดการสูญเสียครั้งใหญ่ เอเลน เยเกอร์ ผู้ที่ฝันจะได้เป็นทหารในกองทัพ ในวันที่เกิดเหตุการณ์นั้น เขาได้อยู่ในเหตุการณ์ และได้เห็นแม่ของตนถูกพวกไททันกินต่อหน้าเขาโดยที่ไม่สามารถช่วยเหลือได้ ถึงจะมีชีวิตรอดมาได้ แต่ก็ทำให้เขาเริ่มตระหนักถึงความอ่อนแอของมนุษย์ที่พ่ายแพ้ต่อพวกไททัน และขอสาบานว่าจะกำจัดไททันทุกตนเพื่อแก้แค้นให้เหล่ามนุษยชาติ หลังจากนั้นเขาและพี่สาวบุญธรรม มิคาสะ อัคเคอร์แมน ได้เข้าร่วมกองทัพและฝึกฝนวิชาการต่อสู้ จนเข้าร่วมกองทัพและเตรียมรับมือต่อกรกับพวกไททันที่ครองผืนดินที่เคยเป็นของมนุษย์มาก่อน อีก5ปีต่อมาไททัน60เมตรได้มาทำลายกำแพงเขตทรอสต์และทำให้ไททันบุกเข้ามาอีกครั้ง

เรื่องราวของ ซาคาตะ กินโทกิ อดีตนักปฏิวัติต่อต้านพวกต่างดาว ที่หันมาเปิดสำนักงานที่รับแก้ปัญหาสารพัดให้คนอื่น โดยมีนักดาบฝึกหัด ชินปาจิ และชาวยาโตะ คางุระ มาร่วมทำงานด้วย