โลกถูกคุกคามด้วยสิ่งมีชีวิตมีพลังที่ทำลายดวงจันทร์ได้ 70% ทำให้ดวงจันทร์มีรูปร่างเสี้ยวตลอดไป สิ่งมีชีวิตนั้นได้อ้างว่าภายใน 1 ปี โลกก็จะถูกทำลายโดยเขา แต่เขาให้โอกาสมนุษย์หลีกเลี่ยงชะตากรรมนี้ ในโรงเรียนม.ต้นคุนุกิงาโอกะ เขาได้เริ่มทำงานเป็นครูประจำชั้น ม.3 ห้อง E ที่สอนนักเรียนไม่เพียงแค่วิชาทั่วไป แต่วิธีการลอบสังหารด้วย รัฐบาลญี่ปุ่นได้มีรางวัลเป็นเงิน 1 หมึ่นล้านเยน (3 พันล้านบาทโดยประมาณ) ให้สำหรับนักเรียนผู้ที่สามารถฆ่าอาจารย์ได้ โดยพวกเขาได้ตั้งชี่ออาจารย์ว่า “อาจารย์โคโระ” แต่ทว่าการฆ่าอาจารย์เป็นเรื่องที่แทบจะเป็นไปไม่ได้ เพราะเขามีพลังพิเศษมากมายไม่ว่าจะเป็นการเคลี่อนไหวด้วยความเร็ว 20 มัค แต่เขาก็เป็นครูที่ดีที่สุดที่พวกเขาเคยมี

เมื่อคิโยทากะได้เข้าเรียนที่โรงเรียนมัธยมของชนชั้นสูงที่รัฐบาลให้การสนับสนุน สิ่งที่เขาค้นพบมีเพียงความจริงที่ว่าระบบการศึกษาบนพื้นฐานของคุณธรรมนั้นเป็นแค่ภาพมายา