นักเรียนมัธยมห้อง 3-E ซึ่งเป็นห้องที่มีแต่เด็กเกเร ได้รับภารกิจให้สังหารอาจารย์ก่อนจบการศึกษา โดยอาจารย์ที่ได้ทำลายดวงจันทร์ไปแล้วขู่ว่าจะทำลายโลกหากนักเรียนไม่สามารถฆ่าเขาภายใน 1 ปี ซึ่งพวกเขาจะสามารถฆ่าสัตว์ประหลาดและครูที่เป็นที่รักได้หรือไม่

เรื่องราวเริ่มต้นจากเหตุการณ์ระเบิดของดวงจันทร์กว่า 70% โดยฝีมือของสิ่งมีชีวิตหน้าตาประหลาดคล้ายปลาหมึกสีเหลือง ซึ่งสามารถเคลื่อนที่ได้เร็ว 20 มัค หรือเท่ากับความเร็วเสียง จึงทำให้ไม่ว่ากองทัพจะจัดยุทโธปกรณ์หนักขนาดไหนก็ไม่มีใครสามารถจัดการได้ ร้ายไปกว่านั้นคือ เป้าหมายต่อไปของมัน ก็คือ การทำลายล้างโลกใบนี้ รัฐบาลจึงตั้งค่าหัวเป็นเงินรางวัล 10,000 ล้านเยน สำหรับใครก็ตามที่กำจัดเจ้านี่ได้ จนเมื่อสิ่งมีชีวิตประหลาดนี้ได้ยื่นข้อเสนอสุดประหลาดสมหน้าตากับการให้ตนเองเข้าไปทำหน้าที่ครูประจำชั้น เพื่อสอนหนังสือให้กับนักเรียนห้อง 3-E (End) ในโรงเรียนมัธยมต้นคุนุกิงาโอกะ พร้อมกับเปิดโอกาสให้นักเรียนลอบฆ่าได้ตามสบายก่อนสำเร็จการศึกษา

ขณะที่นักเล่นแร่แปรธาตุเอ็ดเวิร์ด อัลริคพยายามหาวิธีฟื้นคืนร่างกายให้กับอัลผู้เป็นน้องชาย รัฐบาลทหารและปิศาจลึกลับก็กำลังจับตามองเขาอยู่ไม่ห่าง

เมื่อประเทศญี่ปุ่นต้องเผชิญหน้ากับโคตรไคจูที่ออกอาละวาดทำลายล้างมานานหลายทศวรรษ จนกระทั่งมันได้สิ้นใจนอนตายในสภาพขาชี้ฟ้า ทำให้งานนี้รัฐบาลจึงต้องหาทางกำจัดซากของมันให้ได้โดยด่วนที่สุด ก่อนที่แก๊สระเบิดจากซากไคจูจะกลายเป็นหายนะที่อาจทำให้ทั้งเกาะญี่ปุ่นจมลงก้นทะเล

ในภาคต่อของผลงานภาพยนตร์แขนกลคนแปรธาตุ พี่น้องเอลริคต้องปะทะกับฆาตรกรต่อเนื่องตัวคนเดียวที่มีแผลเป็นบนหน้าผาก ซึ่งเป็นศัตรูที่แข็งแกร่งที่สุดที่ทั้งคู่เคยเจอ

การเดินทางที่ยาวนานและทรหดของพี่น้องเอลริคมาถึงจุดสิ้นสุด ในผลงานปัจฉิมบทปิดฉากมหากาพย์ ที่ทั้งคู่ต้องต่อกรกับภัยร้ายท้าทายจักรวาลซึ่งจะชี้ชะตาประเทศชาติ

เรื่องราวความรักระหว่างอาโออิ (ยามาดะ เรียวสุเกะ) ชายหนุ่มที่ละทิ้งเสียงของเขาไปหลังผ่านเหตุการณ์บางอย่าง และมิกะ (ฮามาเบะ มินามิ) นักศึกษาวิทยาลัยดนตรี ที่ความฝันกำลังจบลงเพราะสูญเสียการมองเห็นไปในอุบัติเหตุ อาโออิได้เข้ามาช่วยเหลือและปกป้องเธอจากอัตรายต่าง ๆ เขาปรารถนาให้มิกะได้ทำตามความฝันที่จะเป็นนักเปียโนให้ได้ ด้วยความอ่อนโยนของอาโออิทำให้มิกะเปลี่ยนไป และทำให้เธอรู้สึกได้ถึงความหวังอีกครั้ง