ด็อกเตอร์ฮู จะดำเนินเรื่องเกี่ยวกับตัวละครหลักของเรื่องซึ่งเป็นเจ้าแห่งกาลเวลาจากดาวแกลลิเฟรย์ ที่มีชื่อว่า "เดอะด็อกเตอร์" เขาหลบหนีมาจากแกลลิเฟรย์โดยขโมยทาร์ดิส ซึ่งเป็นไทม์มะชีนที่สามารถพาเขาไปที่ไหนก็ได้ในห้วงเวลาและอวกาศ ทาร์ดิสจะมี "วงจรกิ้งก่า" โดยปกติแล้วจะทำให้ยานนี้เมื่อลงจอดที่ไหนก็ตาม มันก็จะเปลี่ยนรูปลักษณ์ภายนอกให้กลบกลืนกับสถานที่นั้น แต่อย่างไรก็ตาม ทาร์ดิสของดอกเตอร์ก็ได้ติดอยู่ในรูปร่างของตู้โทรศัพท์สีน้ำเงินของอังกฤษเนื่องจากความผิดพลาดในวงจรกิ้งก่า

หลังช่วยขัดขวางแผนการโจมตีของผู้ก่อการร้าย อดีตทหารผ่านศึกได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่คุ้มกันนักการเมืองที่สนับสนุนและมีบทบาทสำคัญในสงครามที่เขาเคยร่วมต่อสู้

เชิญพบกับครอบครัวสมิธ จอห์นและเจน คนแปลกหน้าผู้เปล่าเปลี่ยวสองคนที่ทิ้งชีวิตและตัวตนของตัวเองไว้เบื้องหลัง ก่อนจะกลายมาเป็นคู่หูกันทั้งในงานสายลับและชีวิตคู่