3 ปีให้หลังจากเหตุการณ์เกม แบทเทิล โรยัล ผู้รอดตาย “ชูยะ นานาฮาระ” ได้ก่อตั้งกลุ่มผู้ต่อต้านขึ้น โดยใช้ชื่อ "กลุ่ม Wild 7" ซึ่งมีจุดประสงค์ที่จะต่อต้านรัฐบาลญี่ปุ่น โดยได้จู่โจมทำลาย ตึกอาคารในเมืองหลวงโตเกียว หนึ่งปีต่อมา รัฐบาลจึงออกกฏทางเลือกการก่อการร้ายในสหัสวรรษใหม่ขึ้นว่าโครงการ BR II ซึ่งทางรัฐบาลได้ส่งนักเรียนชั้นมัธยมปีที่ 3-บี จากโรงเรียนชิคาโนโตริเดะจำนวน 42 คน เพื่อ ตามล่า นานาฮาระ และกำจัดกลุ่ม Wild 7 และหนึ่งนักเรียนสาว ชิโอริ คิตาโนะ ซึ่งเป็นลูกสาว ของอาจารย์ใหญ่ผู้คุมเกม แบทเทิล โรยัล ก็เข้าร่วมกับภาระกิจนี้ด้วยเพื่อที่จะแก้แค้นให้พ่อของเธอ เพื่อเพิ่มศักยภาพการปฏิบัติภาระกิจครั้งนี้ รัฐบาลจึงให้นักเรียนใหม่เหล่านี้ทำงานกันเป็นคู่ โดยทุกคนจะถูกสวมปลอกคออิเลคทรอนิคไว้ด้วย ซึ่งหากนักเรียนคนใดสามารถสังหาร นานาฮาระ ได้ภายใน 3 วัน ก็จะสามารถกลับบ้านได้ แต่หากว่านักเรียนในคู่ไหนเสียชีวิตลง คู่หูก็จะถูกฆ่าด้วย เช่นกัน นักเรียนทั้งหมดจึงถุกส่งตัวไปยังเกาะแห่งหนึ่งซึ่งกลุ่ม Wild 7 ได้ซ่อนอยู่ในแห่งนั้น ภาระกิจของพวกเขาก็เริ่มขึ้น!!

ซาโตชิ และเพื่อนๆ กำลังจะเดินทางไปที่เมือง คราวน์ซิตี้เพื่อไปดูการแข่งขัน โปเกมอนบัคเกอร์ แต่เมือง คราวน์ซิตี้กลับถูกปิดห้ามเข้าตัวเมือง เพราะ โซโรอาร์ด โปเกมอนในตำนานได้ออกอาละวาด กลางเมือง ซาโตชิ และเพื่อนๆ ได้เจอกับ โซโรอาโปเกมอนพูดได้โดยบังเอิญ จึงตัดสินใจเดินทางไปกับโซโรอาเพื่อช่วยโซโรอาตามหาโซโรอาร์ค ซึ่งโซโรอารักเหมือนแม่