ด็อกเตอร์ฮู จะดำเนินเรื่องเกี่ยวกับตัวละครหลักของเรื่องซึ่งเป็นเจ้าแห่งกาลเวลาจากดาวแกลลิเฟรย์ ที่มีชื่อว่า "เดอะด็อกเตอร์" เขาหลบหนีมาจากแกลลิเฟรย์โดยขโมยทาร์ดิส ซึ่งเป็นไทม์มะชีนที่สามารถพาเขาไปที่ไหนก็ได้ในห้วงเวลาและอวกาศ ทาร์ดิสจะมี "วงจรกิ้งก่า" โดยปกติแล้วจะทำให้ยานนี้เมื่อลงจอดที่ไหนก็ตาม มันก็จะเปลี่ยนรูปลักษณ์ภายนอกให้กลบกลืนกับสถานที่นั้น แต่อย่างไรก็ตาม ทาร์ดิสของดอกเตอร์ก็ได้ติดอยู่ในรูปร่างของตู้โทรศัพท์สีน้ำเงินของอังกฤษเนื่องจากความผิดพลาดในวงจรกิ้งก่า

โอทิสหนุ่มติ๋มสุดเนิร์ดฉลาดปราดเปรื่องเรื่องเพศศึกษาเพราะมีแม่เป็นนักบำบัด ทำให้เมฟเพื่อนจอมขบถเสนอไอเดียตั้งคลินิกบำบัดทางเพศในโรงเรียน

เมื่อนอนไม่หลับจนได้เรื่อง เพื่อนสนิทอย่างลิซ่ากับแดนนี่จึงติดต่อกันยามดึกและหาทางใช้ชีวิตในโลกที่เต็มไปด้วยเซอร์ไพรส์ประหลาดน่าอัศจรรย์ใจ ขณะเดียวกันความสัมพันธ์ของทั้งสองก็เริ่มจะลึกซึ้ง