ระหว่างเที่ยวสวนสนุก เมก้า เมาเท่น พี่น้องนินจารุ่นจิ๋วทั้งสามได้เห็น เดฟ ดราก้อน (ฮอล์ก โฮแกน) ดาราแอ็กชั่นชื่อดังถูกลักพาตัวไปโดย เมดูซ่า (โลนิ แอนเดอร์สัน) ผู้ชั่วร้ายและเกลียดเด็กเข้าไส้ เมื่อลูกสมุนของเมดูซ่าล้อม เมก้า เมาเท่น เอาไว้ และขู่เรียกเงิน 10 ล้านเหรียญสหรัญจากเจ้าของสวนสนุก นินจา นินจิ๋ว นินแจ๋ว จึงต้องออกโรงกำจัดคนพาลให้หมดไป