โลกอนาคต ประเทศญี่ปุ่นเกิดภาวะล่มสลาย ตกต่ำถึงขีดสุดในทุก ๆ ด้าน เศรษฐกิจพังนินาศยับเยิน ผู้คนจำนวน 10 กว่าล้านกลายเป็นคนว่างงานในชั่วพริบตา สังคมเสื่อมโทรมทรุดหนัก เด็กและเยาวชนที่ต้องออกจากโรงเรียนกลางคันในปีนี้ มีจำนวน 80,000 คน จำนวนครู-อาจารย์ที่เสียชีวิตในหน้าที่ จากการใช้กำลังรุนแรงภายในโรงเรียน มีมากถึง 1,200 คน ระบบการศึกษาเกิดการเปลี่ยนแปลงอย่างรุนแรง รวมทั้งอาชญากรรมที่ก่อขึ้นโดยวัยรุ่น ก็ปรากฏขึ้นมากมาย อาชญากรรมระบาดแพร่หลายไปทั่วทุกหนแห่ง ปัญหาวัยรุ่นกลายเป็นหนึ่งในปัญหาหลักระดับชาติ พวกเขาไม่ยอมเคารพเชื่อฟังคำสั่งของผู้ใหญ่ กระด้างกระเดื่องต่อครูบาอาจารย์ รัฐบาลจึงวางมาตรการตอบโต้ ด้วยการประกาศ "วิธีการปฏิรูปการศึกษายุคใหม่" ออกมา ซึ่งมีเป้าหมายเพื่อคืนสิทธิ์ให้กับผู้ใหญ่ โดยใช้เกม "Battle Royale" หรือที่เรียกสั้น ๆ ว่า BR มากำราบเด็กแสบ

มาริ อิลลัสเทรียส-มากินามินำหุ่นรบเฉพาะกาลหมายเลข 05 ออกต่อสู้พิชิตเทวทูตตนที่สาม อาสุกะ แลงลีย์-ชิกินามิและอีวา-02 เอาชนะเทวทูตตนที่เจ็ดได้สำเร็จ เทวทูตตนที่แปดปรากฏตัวและถล่มสำนักงานใหญ่เนิร์ฟ อีวา-03 ถูกเทวทูตตนที่เก้ายึดไปขณะทำการทดสอบและชินจิก็เข้าหยุดยั้ง แต่ก็ได้รู้ว่าอาสุกะอยู่บนหุ่นรบตัวนั้น เก็นโดเปลี่ยนการควบคุมอีวา-01 เป็นระบบดัมมี่และเริ่มการต่อสู้กับอีวา-03

พวกเซเลอสั่งโจมตีเนิร์ฟอย่างเต็มรูปแบบ โดยมุ่งที่จะทำลายอีวาก่อนที่เก็นโดะจะทำให้เกิดการพุ่งชนครั้งที่สาม และโครงการเครื่องมือมนุษย์จะตกอยู่ในอำนาจของเขา

ผ่านไป 14 ปี ชินจิตื่นขึ้นมาบนเรือรบเอเอเอ วุนเดอร์ขององค์กรต่อต้านเนิร์ฟที่ก่อตั้งโดยอดีตสมาชิกของเนิร์ฟ ชินจิได้ยินเสียงของเรย์ดังมาจากอีวามาร์ค 09 ที่ถูกส่งมาช่วยเขา เขาจึงหนีออกจากวุนเดอร์และมุ่งหน้าไปยังเนิร์ฟ คาโวรุ นางิสะพาชินจิไปดูดินแดนที่กลายสภาพ เขาจึงได้รู้ว่าการช่วยชีวิตเรย์ส่งผลให้เกิดเนียร์เธิร์ดอิมแพกต์ที่ทำลายล้างโลกอย่างราบคาบ

โมริ โคโกโร่และพวกโคนันต้องเดินทางไปยังโอซาก้าเพื่อปกป้อง ‘อิมพีเรียล อีสเตอร์’ สมบัติล้ำค่าของกษัตริย์รัสเซียที่กำลังจะถูกขโมยโดยจอมโจรคิด ทว่าของล้ำค่านั้นกลับค่อยๆ เผยความลับที่น่าอัศจรรย์ขึ้น นำไปสู่การผจญภัยสุดตื่นเต้นและการต่อสู่สุดเร้าใจ

ในเมืองฮาโกะดาเตะ, ฮอกไกโด จอมโจรคิดได้ส่งสารเพื่อประกาศการปล้นอีกครั้ง โดยเป้าหมายคือดาบญี่ปุ่นที่เกี่ยวข้องกับนักรบในอดีต โทชิโซ ฮิจิกาตะ รองหัวหน้ากลุ่มชินเซ็นกุมิ ขณะเดียวกัน โคนัน และเพื่อน ๆ รวมทั้ง ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดนักสืบฝั่งตะวันตก ก็อยู่ที่เมืองฮาโกะดาเตะ เพื่อเข้าชมการแข่งขันเคนโด้ ต้องเผชิญหน้ากับสถานการณ์การปล้นเหนือเมฆครั้งใหม่ เหตุใดจอมโจรคิดถึงได้สนใจดาบเก่าแก่เล่มนี้กันนะ ปริศนามากมายถาโถมเข้ามาอีกครั้ง ความลับของดาบเล่มนี้คืออะไรกันแน่ ร่วมไขคดีที่มีฉากหลังเป็นทิวทัศน์ระดับร้อยลานดอลลาร์ไปพร้อมกัน!

เมื่อ ชินอิจิ ได้มีโอกาสออกทริปทัศนศึกษาที่ "รัน" เฝ้ารอมานาน พร้อมกับเพื่อน ๆ ที่เมืองเกียวโต และได้พบกับ "คุราจิ เคโกะ" นักแสดงภาพยนตร์ ซึ่งเป็นเพื่อนกับแม่ของชินอิจิเอง ซึ่งเธอก็ได้ขอร้องให้ ชินอิจิ ช่วยไขรหัสลับที่ถูกส่งมาให้กับเพื่อน ๆ ในกองถ่ายภาพยนตร์ เรื่อง "ชูร่าเท็งงูสีแดง" จากนั้น เหล่าผู้เกี่ยวข้องกับภาพยนตร์ก็โดนเท็งงูเล่นงานไปทีละคน จน ชินอิจิ ต้องร่วมมือกับ เฮย์จิ เพื่อสืบสวนเรื่องนี้ด้วยกัน ขณะที่เรื่องราวความรักและหัวใจระหว่าง ชินอิจิ กับ รัน ก็เต็มไปด้วยสีแดงให้ได้ลุ้นสุดฟิน

เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องซึ่งผู้ตายทั้งหมดมีหนังสือ กิเคคิ ไว้ครอบครอง หนึ่งฆาตกรในกลุ่มโจรได้ขโมยพระเก็นจิโบตารุทิ้งปริศนาเพื่อใช้ค้นหาพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน ทำให้โคนันต้องมาคลี่คลายคดีนี้ขณะที่ ฮัตโตริ นักสืบโอซาก้า ก็มาร่วมงานด้วยเพราะต้องการที่จะมาหาหญิงสาวที่เป็นที่รักแรกฮัตโตริคิดว่าเธอคือเจ้าของอัญมณีสีขาวที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

โมริ โคโกโร่ได้รับเชิญให้ร่วมสืบคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่เกิดขึ้นกับผู้ เคราะห์ร้าย 6 รายตามจังหวัดต่างๆ แต่เมื่อโคโกโร่กำลังประชุมเรื่องคดี อยู่นั้น โคนันกลับเห็นนายตำรวจคนหนึ่งขึ้นรถของ ‘ยิน’ หนึ่งในองค์กร- ชายชุดดำไป! งานนี้โคนันจึงต้องไขคดีที่อาจสาวไปถึงตัวเหล่าชายชุดดำ ให้จงได้

สึซึกิ จิโรคิจิเชิญชวนโคนัน กลุ่มนักสืบหนุ่ม และคนอื่นๆ ให้ไปเยี่ยมชมเรือเหาะเบสทรี เรือเหาะลำนี้ซึ่งใหญ่ที่สุดในโลก ตั้งอยู่เหนือเมืองโอซาก้า และทัวร์นี้ใช้เวลาประมาณแปดชั่วโมง เลดี้ออฟเดอะสกายซึ่งเป็นอัญมณีล้ำค่าก็อยู่บนเรือเหาะเช่นกันและเป็นเป้าหมายของหัวขโมยที่ฉาวโฉ่ ที่เลวร้ายยิ่งกว่านั้น กลุ่มผู้ก่อการร้ายแมวสยามแดงก็มีแผนที่จะยึดเรือเหาะลำนี้เพื่อวัตถุประสงค์ของตนเอง ตัวตนของผู้กระทำผิดยังคงเป็นปริศนา และมันก็ขึ้นอยู่กับโคนันที่จะคลี่คลายคดีและเปิดเผยตัวตนของผู้กระทำความผิด ไม่ว่าจะเป็นผู้ลักพาตัวหรือแมวสยามแดง

เรื่องราวที่เกิดขึ้นที่สถานีโทรทัศน์นิชิอุริมีการเกิดระเบิดขึ้นทันควัน ระหว่างการรายงานข่าวการประลองเกมไพ่กลอนประเทศญี่ปุ่น “ซัทสึกิคัพ” ด้านในตึกที่เต็มไปด้วยความระส่ำระสาย ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดสายลับทิศตะวันออก รวมทั้ง โทยามะ ค้างสึฮะ เพื่อนฝูงยุคเด็กของเขาก็อยู่ในสถานที่ที่นี้ด้วย แม้กระนั้นได้ โคนัน เข้าไปช่วยออกมาได้อย่างเฉียดฉิว ดูราวกับว่าคดีนี้จะเป็นฝีมือของผู้ก่อให้เกิดเหตุการณ์ร้ายแรง แต่ทว่าก็ยังไม่มีผู้ใดทราบถึงแรงบันดาลใจของผู้ร้าย เวลาเดียวกันโคนันรวมทั้งเฮย์จิต่างก็รู้สึกแปลกๆถึงคำแถลงข่าวสารคดีระเบิดที่ฟังมองไร้เหตุผล ช่วงเวลาเดียวกันพวกโคนันได้เจอกับ โอโอกะ โมไม่จิ สตรีที่อ้างตัวว่าเป็นเป็นคู่หมั่นของเฮย์จิ เนื่องจากว่าคุณเป็นแชมป์การแข่งขันชิงชัยเกมไพ่กลอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย คุณก็เลยถูกเรียกว่าเป็นราชินีที่แวดวงชิงชัยเกมค้างรุตะ ในเวลาถัดมาหนึ่งในผู้ชนะเลิศซัตสึกิคัพได้ถูกฆาตเกลื่อนกลาดรรมข้างในบ้านสไตล์ประเทศญี่ปุ่นในเมืองอาราชิยามะที่จังหวัดเกียวโต และก็กล้องวงจรปิดก็ถ่ายติดโมไม่จิซึ่งอยู่ในสถานที่เกิดเหตุอีกด้วย

มิซาโตะและวิลเลอ กลุ่มต่อต้านเนิร์ฟเดินทางมาถึงปารีสที่กลายเป็นสีแดงเพราะผลจากแกนกลาง ลูกเรือกลุ่มหนึ่งของวุนเดอร์ลงจอดบนซากปรักของหอกักกัน พวกเขามีเวลาเพียง 720 วินาทีในการฟื้นฟูเมืองขึ้นใหม่ เมื่อกองทัพอีวาของเนิร์ฟปรากฏตัว อีวาหมายเลขแปดของมาริตจึงต้องออกมารับมือ ขณะเดียวกัน ชินจิ อาสึกะ และเรย์ก็ออกเดินทางไปทั่วญี่ปุ่น

สิบห้าปีหลังจากการพุ่งชนครั้งที่สอง ชินจิ เด็กวัยรุ่นที่เซื่องซึมเข้าร่วมกับกลุ่มเนิร์ฟของพ่อเพื่อต่อสู้กับพวกเทวทูต แต่ความจริงอาจทำลายทุกคน