กัปตันฮาร็อค คือชายผู้เดียวที่ยืนอยู่ระหว่างรัฐบาลไ กอา ที่ฉ้อฉลและพยายามครองอำนาจเบ็ดเสร็จในจักรวาล กัปตันฮาร็อคเดินทางท่องไปทั่วจักรวาลด้วยเรือรบอัลค าเดีย เพื่อขัดขวางและแก้แค้นผู้ที่ทำผิดต่อมวลมนุษย์และตั วเขาเอง เอซร่าผู้บัญชาการเรือรบของไกอา จึงได้ส่งโลแกน น้องชายที่ปลอมตัวเข้ามาเพื่อเป็นส่วนหนึ่งของลูกเรื ออัลคาเดีย เพื่อลอบสังหารฮาร็อค แต่โลแกนได้พบความจริงที่ว่าฮาร็อคคือวีรบุรุษ ขณะเดียวกันฮาร็อคได้นำลูกเรือของเขาสู่ภารกิจท้ามฤต ยู เพื่อย้อนเวลาของโลกไปในยุคที่ยังมีมนุษย์อาศัยอยู่ส ู่ปีค.ศ. 2977 ปีที่มนุษย์ 5 หมื่นล้านคนที่ไร้ที่อยู่ขณะนี้เฝ้ารอคอยที่จะกลับดว งดาวที่พวกเขายังเรียกว่าบ้าน ซึ่งกัปตันฮาร็อคและลูกเรือของเขาคือความหวังเดียวเท ่านั้น

เรื่องราวของเหล่ามนุษยชาติที่กำลังถูกคุกคามจากสิ่งมีชีวิตขนาดยักษ์ ที่เรียกว่า ไททัน จนทำให้เกิดความสูญเสียเป็นจำนวนมาก เมื่อโลกใกล้ถึงจุดจบ ก็ถึงเวลาของเหล่าผู้กล้าที่จะต้องต่อสู้และพลีชีพเพื่อปกป้องโลก

ภาคแรกได้จบสิ้นไปนานหลายเดือนแล้ว เกนจิ (ชุน โอกุริ) และกลุ่มจีพีเอสที่เป็นฝ่ายมีชัย กลับต้องเผชิญกับความท้าทายอีกครั้งจากนักเรียนของสถาบันโฮเซนอคาเดมี ที่ได้สมญานามจากทุกคนว่า "กองทัพนักฆ่า" อันที่จริงแล้ว โรงเรียนทั้งสองแห่งมีประวัติการขัดแย้ง และต่อสู้กันมาก่อน และความเกลียดชังก็เริ่มปะทุขึ้นอีกครั้ง ทำลายความสงบที่ทั้งสองฝ่ายเคยมีมาจนถึงปัจจุบัน ภายใต้การนำของ นารุมิ ไทกะ (โนบูอากิ คาเนโกะ) ผู้นำคนใหม่ของโฮเซนอคาเดมี เขาเตรียมพร้อมที่จะเปิดแผลเก่าด้วยการเข้าโจมตีโรงเรียนซูซึรันไฮสกูลทุกรูปแบบ

เรื่องราวการต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดของมวลมนุษย์ชาติ ที่ต้องอาศัยและป้องกันตัวเองหลังกำแพงมหึมาจากเผ่าพันธุ์ไททัน เมื่อเอเรน, มิคาสะ และมิตรสหายที่รอดชีวิตจากสมรภูมิรับรู้แผนชั่วร้ายของนายพล ศัตรูตัวฉกาจอาจไม่ใช่แค่ไททัน อีกทั้งความลับดำมืดของตัวเอเรน หนึ่งเดียวผู้กุมชะตาโลกก็กำลังเปิดเผยในไม่ช้า และการเผชิญครั้งสำคัญระหว่างผู้รอดชีวิตและไททันมหึมากับบทสรุปของมหาสงครามเพื่อมนุษยชาติ

"เซริกะ" หญิงเก่งบ้างาน เธอไม่ค่อยได้ติดต่อกับเพื่อนเก่าเท่าไหร่ จนวันหนึ่งเธอได้พบกับ "นามิ" เพื่อนเก่าจากชมรม "ซันนี่" โดยบังเอิญในโรงพยาบาล เซริกะบอกนามีว่าเธอเป็นมะเร็งและจะมีชีวิตอยู่ได้อีกไม่นาน สิ่งที่เธออยากทำก่อนตายก็คือ ได้ร้องเพลง "Tsuyoi Kimochi, Tsuyoi Ai" ร่วมกับเพื่อนชมรม "ซันนี่" เมื่อรู้อย่างนั้นแล้ว นามิเลยพยายามติดต่อเพื่อน ๆ ในแก๊งให้กลับมารวมตัวกันอีกครั้ง เพื่อหวนคืนความทรงจำที่พวกเธอทุกคนมีต่อกันก่อนที่ เซริกะ จะจากโลกนี้ไป แต่ก็ไม่ใช่เรื่องง่ายนัก เพราะเมื่อเวลาเปลี่ยนคนก็เปลี่ยน มีหลายสิ่งหลายอย่างที่ทำให้ "ซันนี่" ในวันนี้ไม่เหมือน "ซันนี่" ในวันนั้นแล้ว

เรื่องราวในภาคนี้เริ่มต้นขึ้นเมื่อ 3 นักรับจ้างสารพัด นำทีมโดยอดีตซามูไร กินโทกิ (ชุน โองุริ), คางุระ (คันนะ ฮาชิโมโตะ) และ ชินปาจิ (มาซากิ ซุดะ) กำลังร้อนเงินอย่างหนักเพื่อจะจ่ายค่าเช่าบ้าน พวกเขาจึงต้องหางานพาร์ทไทม์ทำจนได้เจอกับ ท่านโชกุน ผู้ซึ่งมอบงานสุดบ้าระห่ำ ที่ทำให้พวกเขาต้องเข้าไปพัวพันกับการแตกหักของหน่วยชินเซ็นกุมิ และความวุ่นวายอีกมากมายที่รับรองว่า ป่วน มัน ฮา เกรียน บ้า แหกทุกกฎเกณฑ์ชิมิ!!!

"นิชิโนะ อาโออิ" (อาราตะ แมคเคนยู) นักเรียนมัธยมปลายผู้ที่มีนิสัยไม่ค่อยเข้าสังคม และไม่ค่อยสุงสิงกับใคร เขาได้เข้าชมรมยิงธนูพร้อมกับเพื่อนสมัยเด็กของเขา "เซโนะ ฮารูกะ" (ยามาซากิ ฮิโรนะ) แต่แล้ววันหนึ่งก็มีฟ้าผ่าปริศนาถล่มใส่โรงเรียน หลังจากนั้นชีวิตนักเรียนของพวกเขาและนักเรียนคนอื่นๆก็ได้เปลี่ยนไป เมื่อทั้งโรงเรียนถูกย้อนเวลากลับไปในยุคเซ็นโกคุ สถานการณ์แย่ลงเมื่อมีซามูไรมากมายมารุมล้อมพวกเขา จะเป็นเช่นไรเมื่อเหล่านักเรียนมัธยมปลายต้องมาปะทะกับเหล่าซามูไรแห่งยุคเซ็นโกคุ