ภารกิจของนารูโตะครั้งนี้ก็คือคุ้มครองเจ้าชายมิจิรุ กับลูกชายชื่อฮิคารุ กลับแคว้นซึคิอย่างปลอดภัย แต่ชาบาตาบะ รัฐมนตรีคู่กายกลับก่อการกบฏ แล้วภารกิจของนารูโตะและจะสำเร็จหรือไม่ต้องติดตามชม

10 ปีหลังสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งล่าสุด เอมิยะ ชิโร่ ได้ใช้ชีวิตอย่างสงบสุขในเมืองฟุยูกิ โดยมีรุ่นน้องของเขา มาโต้ ซากุระ คอยอยู่ข้างกายทุกๆ วัน จนกระทั่งสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่ได้เริ่มต้นขึ้น เขาได้ถูกดึงเข้าสู่สงครามโดยการเรียก Servant Saber และตัดสินใจยืนหยัดต่อสู้ในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ชี้ชะตาเหล่าจอมเวทย์เพื่อความปรารถนาของพวกเขา

เมืองคาซึคาเบะ จังหวัดไซตามะ ซึ่งเป็นที่ที่ครอบครัวของชินจังอาศัยอยู่ได้ถูกกองทัพหุ่นยนต์เข้ารุกราน ทว่ากลับมีฮีโร่ปรากฏตัวและช่วยกอบกูวิกฤตินี้เอาไว้ได้ ซึ่งฮีโร่คนนั้นก็คือ โนะฮาร่า ฮิโรชิ หรือพ่อของชินจังในเวอร์ชั่นหุ่นยนต์นั่นเอง แล้วครอบครัวโนะฮาร่าจะสามารถกลับมาอยู่ร่วมกันแบบ "มนุษย์" ทั้งหมดได้หรือไม่ หรือพวกเขาต้องอยู่กับหัวหน้าครอบครัวเวอร์ชั่นหุ่นยนต์กันแน่?! เตรียมตัวผจญภัยไปกับการต่อสู้อันดุเดือดและเข้มข้นของผู้เป็นพ่อในการปกป้องครอบครัว ถึงขนาดทำเอาพ่อบ้านญี่ปุ่นร้องไห้หนักมากมาแล้ว!