หลังจากที่ สิงโตอเล็กซ์ ม้าลายมาร์ตี ยีราฟเมลแมน (เดวิด ชวิมเมอร์) ฮิปโปกลอเรีย คิงจูเลียน มอริซ และพลพรรคเพนกวิน ถูกทิ้งบนชายฝั่งเกาะมาดากัสการ์ที่ห่างไกลอารยธรรม เหล่าสัตว์จากนิวยอร์กร่วมกันวางแผนการที่เพี้ยนสุดๆ เหล่าเพนกวินลงมือซ่อมเครื่องบินเก่าๆ ที่ตกลงมาบนเกาะ แล้วในที่สุด เครื่องบินก็พาพวกเขาไปยังผืนแผ่นดินแอฟริกาที่กว้างใหญ่ไพศาล ที่แอฟริกา พลพรรคจากสวนสัตว์ได้พบกับเผ่าพันธุ์เดียวกันเป็นครั้งแรก ได้ค้นพบรากเหง้าของตัวเอง และได้เรียนรู้ถึงความแตกต่างระหว่างป่าคอนกรีตและใจกลางป่าแอฟริกา แม้ว่าจะมีทั้งญาติพี่น้องที่เพิ่งพานพบ คู่แข่งด้านความรัก และนายพรานจอมวางแผน แอฟริกาก็ดูเหมือนจะเป็นสถานที่สุดวิเศษ แต่มันจะดีกว่าบ้านของพวกเขาที่เซ็นทรัลปาร์กจริงหรือไม่

อเล็กซ์ คือราชาแห่งป่ากลางเมือง ที่ซึ่งมันเป็นจุดสนใจอยู่ในสวนสัตว์เซ็นทรัลปาร์ก ในนิวยอร์ก อเล็กซ์กับเพื่อนซี้ มาร์ตี้,เมลแมน และ กลอเรีย ใช้ชีวิตอยู่ในกรงขังอันสุขสำราญ เพียบไปด้วยอาหารรสเลิศ และวิวทิวทัศน์อันงดงาม ในสวนของพวกมันเอง แม้จะไม่ตั้งใจจะจากไปเพียงลำพัง แต่มาร์ตี้ปล่อยให้ความอยากรู้อยากเห็นเข้าครอบงำ ด้วยความช่วยเหลือจากเจ้าเพนกวินยักษ์ ทำให้มาร์ตี้สามารถหลบหนีออกมาท่องโลกที่เขาคิดถึง โดยตั้งใจจะกลับมาสวนสัตว์ก่อนเช้า กลางดึกคืนเดียวกันนั้น อเล็กซ์, เมลแมน และกลอเรียพบว่า เพื่อนซี้ของพวกเขาหายไป พวกเขาตัดสินใจว่า ทางออกเดียวคือการแหกกรงหนีออกจากสวนสัตว์ เพื่อออกตามหามาร์ตี้ และเพื่อพาเขากลับมายังสวนสัตว์ ก่อนจะมีใครสังเกตเห็นว่าพวกเขาหนีไปแต่แม้กระทั่งในนิวยอร์กเอง สิงโต, ยีราฟ และฮิปโปโปเตมัส ที่กำลังท่องไปตามท้องถนน และขึ้นไปบนรถไฟใต้ดิน ก็ยังกลายเป็นจุดสนใจ อเล็กซ์, เมลแมน และกลอเรีย ตามรอยมาร์ตี้ไปจนถึงแกรนด์ เซ็นทรัล สเตชั่น

การผจญภัยครั้งใหม่ของผองเพื่อน เจ้าสิงโต อเล็กซ์ (เบ็น สติลเลอร์), ม้าลายมาร์ตี้ (คริส ร็อค), ยีราฟ เมลแมน (เดวิด ชวิมเมอร์) และฮิปโปกลอเรีย (เจด้า พิงค์เกท สมิธ) ที่คราวนี้ไปหลงทางอยู่ในยุโรปและกลายเป็นอาชญากรที่ถูกหมายหัว จึงแฝงกายอยู่ในคณะละครสัตว์เพื่อหาทางกลับสู่สวนสัตว์เซ็นทรัลปาร์กใน นิวยอร์ก โดยมี แก๊งเพนกวิน, มัวรีซ และกษัตริย์จูเลียนติดสอยห้อยตามมาร่วมผจญภัยด้วย