สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งไหม่ในอ่าวโตเกียว ที่มีชื่อว่า "Edge of Ocean" กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่! มีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจ "ZERO" โคนันอดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้ ลายนิ้วมือถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุบ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ แต่ได้เกิดเหตุก่อการร้ายปริศนาพร้อมกันหลายจุดในตัวเมืองโตเกียว โคนัน และตำรวจรักษาความมั่นคงสืบจนได้รู้ว่าวันเปิดการประชุม Summit เป็นวันเดียวกับที่ยานสำรวจไร้มนุษย์ขนาดใหญ่ "หงส์ขาว" เสร็จสิ้นจากภารกิจที่ดาวอังคารและเดินทางกลับสู่โลก สุดท้ายแล้วจะมีอะไรเกิดขึ้นในวัน X Day ที่กำลังใกล้เข้ามากันนะ? แล้วอามุโร่ โทรุ ผู้เต็มไปด้วยปริศนา เป็นมิตรหรือศัตรูกันแน่?