โจนัส เทย์เลอร์ เหมือนเดิม เขากำลังทำการวิจัย ลูกฉลามเมกาโลดอน ที่ถูกนำมากักไว้เพื่อวิจัย ในขณะที่ทีมวิจัยคนอื่นกลับออกไปสำรวจร่องมหาสมุทรมาเรียนน่าซึ่งเป็นที่ที่พวกเขาพบกับเมกาโลดอนเป็นครั้งแรก ที่นั่นทีมวิจัยสำรวจพบกับสิ่งมีชีวิตดึกดำบรรพ์อีกตัวหนึ่งคือ โครโนซอรัส สัตว์เลื้อยคลานในทะเลขนาดใหญ่ที่วิวัฒนาการมาเพื่อล่าสัตว์ซึ่งมันอาศัยอยู่ในร่องน้ำมรณะแห่งนี้ ทีมวิจัยและ โจนัสจะต้องเผชิญหน้ากับสัตว์ดึกดำบรรพ์ตัวโหดตัวใหม่ รวมถึงการกลับมาของเมกาโลดอนด้วย

การผจญภัยที่จะกลายเป็นตำนานของ พอล อะเทรดีส ที่เขาได้ร่วมกับ ชานี่ และเหล่าเฟรแมน ขณะเดียวกันนั้นเขาก็อยู่บนเส้นทางแห่งการแก้แค้นทุกคนที่มีส่วนร่วมในการทำลายครอบครัวของเขา พร้อมเผชิญหน้ากับทางเลือกระหว่างความรักในชีวิต กับชะตากรรมของจักรวาลทั้งมวล ขณะเดียวกันนั้นเขาก็ต้องหาทางป้องกันอนาคตอันเลวร้ายที่มีเพียงแค่เขาเท่านั้นที่มองเห็น

ในขณะที่ วูลฟ์เวอร์รีน ผู้เหนื่อยล้ากำลังฟื้นฟูอาการบาดเจ็บของตนเอง เขาก็ได้มาพบกับจอมพูดมากอย่าง เดดพูล ผู้ที่เดินทางข้ามเวลามายังอนาคตเพื่อที่จะรักษามิตรสหายที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของเขา ด้วยความหวังที่ว่าจะสามารถผูกมิตรกับเจ้าสัตว์ร้ายและร่วมมือกันเพื่อนที่จะปราบศัตรูที่พวกเขามีร่วมกัน