ปลายศตวรรษที่ 19 กลุ่มสายลับ White Pigeon แองจี้ โดโรธีและชีท ร่วมมือกันทำภารกิจใหม่ พาเจ้าของร้านหนังสือที่ถูกขังหนีข้ามประเทศกลับมาแม้ทำสำเร็จ แต่ราชอาณาจักรก็เอา "เหตุลอบสังหารราชินี" มาเป็นข้ออ้างในการล่าตัวพวกเขา กลุ่มสายลับเดาว่าอาจจะมี"หนอนบ่อนไส้"แฝงตัวอยู่ เพื่อสืบหาความจริง พวกเขาต้องออกตามหาตัวบิชอปในเครือจักรภพ แต่ภารกิจใหม่นี้จะดำเนินไปเช่นไร แล้วบิชอปผู้นี้เป็นใครกันนะ？

ทันจิโร่และคนอื่นๆ ขึ้นขบวนรถไฟสู่นิรันดร์พร้อมเรนโงคุ เคียวจูโร่ เพื่อเผชิญหน้าอสูรที่สะกดเหยื่อไว้ในความฝันแสนหวาน จนไม่มีใครอยากตื่นขึ้นมา

"ฝ่ายตรงข้ามที่ฉันต้องต่อสู้ ยังคงอยู่ในเมืองนี้" เด็กหนุ่มตัดสินใจที่จะต่อสู้ต่อไป เพื่อปกป้องเด็กสาวสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ที่เหล่าจอมเวท (มาสเตอร์) และจิตวิญญาณแห่งวีรชน (เซอร์วานท์) เข้าต่อสู้เพื่อนำไปสู่การครอบครอง จอกศักดิ์สิทธิ์สงครามครั้งใหม่ได้เริ่มขึ้นอีกครั้ง ณ เมืองฟุยุกิ เมื่อ 10 ปีให้หลังจากสงครามครั้งที่แล้วแต่แล้ว การมาของมาโต้ โซเค็น ผู้เป็นหนึ่งในสามตระกูลที่สร้างสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ทำให้สิ่งต่างๆเริ่มบิดเบี้ยวและเลวร้ายยิ่งขึ้น เมื่อโซเค็นอัญเชิญเซอร์วานท์ แอสซาซินที่แท้จริงออกมา เงามืดที่ไม่มีใครรู้จักครอบคลุมเมือง สังหารเหล่ามาสเตอร์ และเซอร์วานท์ทีละคน เอมิยะ ชิโร่ ผู้ซึ่งได้ต่อสู้ในฐานะมาสเตอร์ในสงครามครั้งนี้ได้รับบาดเจ็บและสูญเสียเซอร์วานท์ เซเบอร์ไป ด้วยการตัดสินใจที่จะปกป้องมาโต้ ซากุระ เขาจึงปฏิเสธที่จะออกจากสนามรบในขณะที่ซากุระกังวลเกี่ยวกับชิโร่นั้น เธอเองก็ต้องเองพัวพันกับชะตากรรมของตนในฐานะจอมเวท "ฉันสัญญาฉันจะ ... "เขาตัดสินใจว่าจะไม่ทรยศต่อเธอ อย่างไรก็ตามความปรารถนาอันแรงกล้าของพวกเขากำลังถูกบดบังด้วยเงามืด

10 ปีหลังสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งล่าสุด เอมิยะ ชิโร่ ได้ใช้ชีวิตอย่างสงบสุขในเมืองฟุยูกิ โดยมีรุ่นน้องของเขา มาโต้ ซากุระ คอยอยู่ข้างกายทุกๆ วัน จนกระทั่งสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่ได้เริ่มต้นขึ้น เขาได้ถูกดึงเข้าสู่สงครามโดยการเรียก Servant Saber และตัดสินใจยืนหยัดต่อสู้ในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ชี้ชะตาเหล่าจอมเวทย์เพื่อความปรารถนาของพวกเขา

หนังโรงของอนิเมชั่นต้นฉบับมังงะของอาจารย์อาคาซากะ อากะ ที่เอ่ยถึงเรื่องช่วงเวลาหลังอนิเมชั่นซีซั่น 3 ในระหว่างที่เข้าใกล้สู่ช่วงคริสต์มาส หลังจากที่รองประธานนักเรียนชิโนมิยะ คางุยะ กับประธานนักเรียนชิโรกาเนะ มิยูกิได้จุมพิตแรกกันก็ยังไม่ได้เป็นคู่รักกัน พวกเขาและเธอต่างก็ยังเก็บความรู้สึกอันซับซ้อนนั้นไว้แล้วผ่านวันเวลาไป

นาเดชิโกะ ริน ชิอางิ อาโออิ และไซโตะ เพื่อนร่วมชมรมแคมป์สมัยม.ปลาย แยกย้ายกันเติบโตตามเส้นทางชีวิตของแต่ละคน แต่แล้วพวกเขาก็ได้ตัดสินใจร่วมกันสร้างแคมป์ และร่วมมือแก้ปัญหาต่าง ๆ ไปด้วยกัน

“ทาคางิ” และ “นิชิกาตะ” นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีสุดท้าย พวกเขาทั้งสองกำลังตกอยู่ในช่วงเวลาของความวิตกกังวลและความหวังสำหรับอนาคต ในช่วงฤดูร้อนของปีสุดท้ายนี้ ก่อนที่วันหยุดฤดูร้อนจะเริ่มต้น ทั้งสองพบลูกแมวตัวหนึ่งที่ชื่อ Hana พวกเขาตัดสินใจที่จะดูแลลูกแมวด้วยตัวเอง จนกว่าจะหาแม่ของมันเจอ เรื่องราวความน่ารักของเขาและเธอ จึงได้เริ่มขึ้น ในช่วงสุดท้ายของวันหยุดภาคฤดูร้อน ก่อนที่ทั้งคู่จะเติบโตเป็นผู้ใหญ่ขึ้น