เป็นเนื้อเรื่องความแทรกจาก Season 2 (แทรกของตอนที่24) ของ 4 สาว(ยุย, มิโอะ,ริตสึ ,สึมุกิ) เคอง จะทำอะไรดีให้ นากาโนะ อาสึสะ ก่อน 4 สาวจะจบการศึกษาไปต่อมหาลัย โดยการจัดทริปเรียนจบไปเที่ยวต่างประเทศ ทั้ง 5 สาว เพื่อไปแต่งเพลงให้กับ นากาโนะ อาศึสะ (เป็นความลับของ4สาว) ที่ลอนดออนในประเทษอังกฎษ โดยให้ทงจัง (ตะพาบน้ำ) เป็นคนเลือก

10 ปีหลังสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งล่าสุด เอมิยะ ชิโร่ ได้ใช้ชีวิตอย่างสงบสุขในเมืองฟุยูกิ โดยมีรุ่นน้องของเขา มาโต้ ซากุระ คอยอยู่ข้างกายทุกๆ วัน จนกระทั่งสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่ได้เริ่มต้นขึ้น เขาได้ถูกดึงเข้าสู่สงครามโดยการเรียก Servant Saber และตัดสินใจยืนหยัดต่อสู้ในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ชี้ชะตาเหล่าจอมเวทย์เพื่อความปรารถนาของพวกเขา

"ฝ่ายตรงข้ามที่ฉันต้องต่อสู้ ยังคงอยู่ในเมืองนี้" เด็กหนุ่มตัดสินใจที่จะต่อสู้ต่อไป เพื่อปกป้องเด็กสาวสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ที่เหล่าจอมเวท (มาสเตอร์) และจิตวิญญาณแห่งวีรชน (เซอร์วานท์) เข้าต่อสู้เพื่อนำไปสู่การครอบครอง จอกศักดิ์สิทธิ์สงครามครั้งใหม่ได้เริ่มขึ้นอีกครั้ง ณ เมืองฟุยุกิ เมื่อ 10 ปีให้หลังจากสงครามครั้งที่แล้วแต่แล้ว การมาของมาโต้ โซเค็น ผู้เป็นหนึ่งในสามตระกูลที่สร้างสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ทำให้สิ่งต่างๆเริ่มบิดเบี้ยวและเลวร้ายยิ่งขึ้น เมื่อโซเค็นอัญเชิญเซอร์วานท์ แอสซาซินที่แท้จริงออกมา เงามืดที่ไม่มีใครรู้จักครอบคลุมเมือง สังหารเหล่ามาสเตอร์ และเซอร์วานท์ทีละคน เอมิยะ ชิโร่ ผู้ซึ่งได้ต่อสู้ในฐานะมาสเตอร์ในสงครามครั้งนี้ได้รับบาดเจ็บและสูญเสียเซอร์วานท์ เซเบอร์ไป ด้วยการตัดสินใจที่จะปกป้องมาโต้ ซากุระ เขาจึงปฏิเสธที่จะออกจากสนามรบในขณะที่ซากุระกังวลเกี่ยวกับชิโร่นั้น เธอเองก็ต้องเองพัวพันกับชะตากรรมของตนในฐานะจอมเวท "ฉันสัญญาฉันจะ ... "เขาตัดสินใจว่าจะไม่ทรยศต่อเธอ อย่างไรก็ตามความปรารถนาอันแรงกล้าของพวกเขากำลังถูกบดบังด้วยเงามืด

"กำปั้นสีน้ำเงิน" บลูแซฟไฟร์ขนาดใหญ่ที่สุดในโลกซึ่งจมอยู่ในทะเลแถบสิงคโปร์พร้อมกับเรือโจรสลัดในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ได้ถูกมหาเศรษฐีท้องถิ่นเก็บกู้ขึ้นมา และนำมาอวดโฉมต่อหน้าสาธารณชน แต่กลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นที่มารีน่าเบย์แซนด์ส โดยในที่เกิดเหตุนั้นมีสาส์นเตือนของจอมโจรคิดที่เปื้อนเลือดตกอยู่... ขณะเดียวกัน รันกับโซโนโกะก็เดินทางมาชมการแข่งขันคาราเต้ที่จัดขึ้นที่สิงคโปร์พอดี ส่วนโคนันเดินทางออกนอกประเทศไม่ได้เนื่องจากไม่มีพาสปอร์ต จึงต้องอยู่เฝ้าบ้าน แต่จอมโจรคิดต้องการใช้ประโยชน์จากโคนัน จึงใช้มายากลหลอกล่อพาตัวโคนันมายังสิงคโปร์ แถมยังจับเขาแปลงโฉมใหม่พร้อมกับยึดแว่นตา นาฬิกาข้อมือ และเสื้อผ้าไปหมดอีกด้วย หากไม่ยอมทำตามที่คิดบอก โคนันก็จะไม่สามารถกลับญี่ปุ่นได้ เมื่อถูกรันถามชื่อโดยที่ดูไม่ออกว่าคนที่เธอถามเป็นใคร โคนันจึงโมเมตอบไปว่าชื่ออาเธอร์ ฮิราอิ (!?)