เรื่องราวของกองกำลังทหาร E.S.W.A.T. ที่ปฏิบัติภารกิจในปี 2133 โอลิมปัสยูโทเปีย แห่งอนาคตที่ซึ่งมนุษย์ ไซบอร์ก และ มนุษย์วิศวกรรมชีวภาพที่เรียกว่า Bioroids กำลังพยายามอยู่ร่วมกันอย่างสมบูรณ์แบบ อย่างไรก็ตามชุดของการโจมตีของผู้ก่อการร้ายโดยไซบอร์กและมนุษย์ขู่ว่าจะโยนโอลิมปัส ไปสู่ความโกลาหลทั้งหมด เมื่อปรากฎว่ามนุษย์และเครื่องจักรเหล่านี้ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของสัญญาณอิเล็กทรอนิกส์ที่ไม่รู้จักซึ่งเจาะเข้าไปในระบบของพวกเขาและพวกเขาก็กลายเป็นคนรับใช้ที่ไม่เต็มใจขององค์กรที่มุ่งร้ายด้วยคอมพิวเตอร์ การถูกโยนลงไปสู่การทำสงคราม หญิงผู้กล้าหาญ นักรบ Deunan Knute และคู่รัก Cyborg พวกเขาตรวจสอบเหตุการณ์แปลกๆนี้กับสมาชิกคนอื่น ๆ ในหน่วยของพวกเขา ทุกอย่างซับซ้อนขึ้นเมื่อ ไบโอรอยด์ ชื่อ Tereus ซึ่งคล้ายกับ Briareous ในร่างมนุษย์ของเขาแทรกซึมในหน่วยของพวกเขาทำให้เกิดความแตกแยก

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งไหม่ในอ่าวโตเกียว ที่มีชื่อว่า "Edge of Ocean" กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่! มีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจ "ZERO" โคนันอดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้ ลายนิ้วมือถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุบ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ แต่ได้เกิดเหตุก่อการร้ายปริศนาพร้อมกันหลายจุดในตัวเมืองโตเกียว โคนัน และตำรวจรักษาความมั่นคงสืบจนได้รู้ว่าวันเปิดการประชุม Summit เป็นวันเดียวกับที่ยานสำรวจไร้มนุษย์ขนาดใหญ่ "หงส์ขาว" เสร็จสิ้นจากภารกิจที่ดาวอังคารและเดินทางกลับสู่โลก สุดท้ายแล้วจะมีอะไรเกิดขึ้นในวัน X Day ที่กำลังใกล้เข้ามากันนะ? แล้วอามุโร่ โทรุ ผู้เต็มไปด้วยปริศนา เป็นมิตรหรือศัตรูกันแน่?

ระหว่างการเดินทางของโคนันกับวงแหวนแห่งโชคชะตา เที่ยวบินระหว่างทางไปฮาโกดาเตะก็พบกับชะตากรรมอันน่าเศร้า นักบินถูกช็อกโกแลตวางยาพิษสาหัส ส่งผลให้เครื่องบินเสียชีวิตอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ แม้ว่าจะพยายามทุกวิถีทางในการลงจอดเครื่องบินอย่างปลอดภัย แต่สภาพของนักบินก็ทำให้พวกเขาไม่สามารถลงจอดได้ การกระทำของโคนันเพื่อช่วยเหลือผู้โดยสารบนเที่ยวบินนั้นไม่แน่นอน ในขณะเดียวกัน โจรก็ครุ่นคิดถึงว่าเขาจะขโมยแหวนแห่งโชคชะตาไปได้สำเร็จหรือไม่ การปะทะกันที่ใกล้จะเกิดขึ้นระหว่างโคแนนกับหัวขโมยสร้างภาระหนักใจให้กับฝ่ายหลัง โจรอดไม่ได้ที่จะสงสัยว่าผลลัพธ์สุดท้ายของการเผชิญหน้าครั้งนี้จะเป็นอย่างไร

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

Episode ONE เดอะมูฟวี่ภาคพิเศษที่สร้างขึ้นเพื่อฉลองครบรอบ 20 ปี การ์ตูนยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ที่จะพาแฟนๆ ย้อนกลับไปเจาะลึกเหตุการณ์ และยาพิษปริศนาขององค์กรชุดดำ ที่ทำให้คุโด้ ชินอิจิ นักสืบม.ปลาย ต้องกลายเป็น เอโดงาวะ โคนัน นักสืบประถมรุ่นจิ๋วอีกครั้ง