ในอดีต ความโกลาหลก่อตัวเป็นรูปร่างเข้าโจมตีผู้คน เหล่าจอมเวทได้สร้างระบบตราศักดิ์สิทธิ์ “แกรนเครสท์” (ตราจักรพรรดิศักดิ์สิทธิ์) มอบให้แก่ลอร์ดทั้งหลายเพื่อปกป้องประชาชน แต่หลังเหตุการณ์เริ่มกลับมาสงบ พวกลอร์ดเริ่มแย่งชิงตราเพื่อเพิ่มอำนาจตน กลายเป็นสงครามใหม่ จอมเวทสาว ชิรูก้า ผู้ชิงชังเหล่าลอร์ดได้พบกับ เทโอ หนุ่มที่ได้แกรนเครสท์มาหวังช่วยหมู่บ้านตน เทโอและชิรูก้าจึงร่วมกันก่อสร้างอาณาจักรและต่อกรกับเหล่าลอร์ดที่ลุ่มหลงในอำนาจ จนลืมประชาชน

เรย์โน สาวมหาวิทยาลัยที่รักการอ่าน หนอนหนังสือที่ฝันจะได้ทำงานด้านนี้ จนได้งานเป็นบรรณารักษ์ที่หอสมุดมหาวิทยาลัย แต่กลับมาตายเพราะเหตุแผ่นดินไหวแล้วตู้หนังสือล้มทับ เธอได้มาเกิดใหม่ในร่างเด็กสาว บนโลกที่หนังสือกลายเป็นสิ่งหายาก และมีแค่ขุนนางที่สามารถเข้าถึงได้ อีกทั้งเธอเกิดในร่างเด็กสาวลูกทหารชั้นปลายแถว ไม่มีโอกาสได้สัมผัสหนังสือที่รัก แต่ด้วยความมุ่งมั่นทำให้เธอพยายามที่จะทำตามฝันให้สำเร็จ

หลังผู้กล้า ลีโอ เดมอนฮาร์ต ช่วยโลกให้พ้นภัยจากเหล่าปีศาจ คนแข็งแกร่งแบบเขากลายเป็นสิ่งที่พวกมนุษย์ไม่ต้องการอีก จึงโดนขับไล่จากแดนมนุษย์ เขาตัดสินใจมาทำงานที่กองทัพของจอมมารที่พ่ายแพ้ กำลังบูรณะประเทศ เขาจึงช่วยแก้ปัญหาทางการเงิน และปัญหาต่างๆ จนได้พบจอมมาร เอคิดน่า อีกครั้ง และได้ฟังเหตุผลที่รุกรานพวกมนุษย์ ที่ทำให้เขาเข้าใจบางสิ่งมากยิ่งขึ้น

Kelvin ชายหนุ่มที่ลืมตาตื่นขึ้นมาก็พบว่าตัวเองอยู่ในต่างโลก แถมยังสูญเสียความทรงจำของชาติที่แล้วไปหมดเพื่อแลกเปลี่ยนกับพลังระดับเทพ และเขาก็จะนำพลังของคลาสสายซัมมอนที่ได้มาไปออกผจญภัย และหาคู่ต่อสู้เก่งๆ

โลกอนาคต ในสมัยที่ความสามารถต่างๆของผู้มีพลังพิเศษ (ผู้มีพลังจิต, Psychics, Espers) กลายเป็นสาขาหนึ่งของวิทยาศาสตร์ โคจรมาพบกับ อำนาจเหนือธรรมชาติอีกชนิดหนึ่ง คือ เวทมนตร์ (Magic) เรื่องราวดำเนินไป ณ เมืองแห่งการศึกษา ซึ่งมีเทคโนโลยีสูงมาก อยู่ทางตะวันตกของกรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น วันหนึ่งชีวิตของโทมะก็ต้องเปลี่ยนไป เมื่อมีแม่ชี (อายุไล่เลี่ยกับเขา) คนหนึ่ง นอนสลบพาดอยู่ที่ระเบียงห้องของเขา เธอชื่อว่าอินเด็กซ์ อินเด็กซ์มีความทรงจำที่ดีมาก เธอสามารถจดจำ คัมภีร์เวทมนตร์กว่าแสนเล่มไว้ได้ ทำให้เธอต้องถูกตามล่าจากเหล่าผู้มีเวทมนตร์ โทมะได้ช่วยเหลืออินเด็กซ์ไว้ ให้ที่พักพิงกับเธอ และคอยช่วยเหลือเธอจาการถูกตามล่า จากทั้งฝ่ายเวทมนตร์และฝ่ายวิทยาศาสตร์

"ลิโกะ" เทรนเนอร์มือใหม่จากภูมิภาคพัลเดีย ได้เข้าเรียนที่สถาบันอินดิโกในคันโต ซึ่งเธอได้เลือกเนียวฮะมาเป็นคู่หู ไม่ทันไร!! ลิโกะ ก็ถูกทีมเอกซ์พลอเรอร์ (Explorers) แย่งจี้ห้อยคอที่เธอได้รับจากคุณยายของเธอไป แต่ก็ได้รับการช่วยเหลือจากกลุ่ม Rising Volt Tacklers ทำให้ลิโกะได้ร่วมผจญภัยไปกับพวกเขา ระหว่างแวะพักบนเกาะแห่งหนึ่งในคันโต กลุ่ม Rising Volt Tacklers ได้พบกับเด็กชายที่ชื่อ รอย ซึ่งเขาก็มีโฮเกเตอร์ที่ได้เดินทางมาด้วยกันเป็นคู่หู นอกจากนี้ รอยยังได้เข้าร่วมทีม Rising Volt Tacklers เพื่อค้นหาโปเกมอนในตำนาน อย่างเรย์ควาซา ที่ออกมาจากโปเกบอลโบราณของเขา ที่เขาได้รับจากปู่ รวมถึงสำรวจโลกอันแสนกว้างใหญ่นี้อีกด้วย ในระหว่างการผจญภัย ลิโกะและรอย ได้เรียนรู้หลายอย่าง เช่น วิธีใช้ไอเท็ม มิตรภาพของพวกพ้อง และตนเอง ทั้งนี้เพื่อมุ่งไปสู่การเป็นโปเกมอนเทรนเนอร์นั้นเอง

โคมุระ นักเรียนหนุ่มที่เพิ่งย้ายมา พบกับ มิเอะ สาวข้างโต๊ะที่ลืมแว่นเป็นประจำ ต้องให้เขาช่วยเหลือในระหว่างคาบเรียนบ่อย จนเริ่มสนิทกันมากขึ้นทีละน้อย

เรื่องราวของ นาโกมุชายหนุ่มผู้ออกจากบ้านเพื่อไปเป็นนักร้องในโตเกียว แต่พอทราบข่าวว่าพ่อของตนล้มป่วย ก็เลยตัดสินใจกลับบ้านเกิดที่ห่างไปนานกว่า 10 ปี เพื่อปกป้องรักษาร้านขนมญี่ปุ่นของตระกูลเอาไว้ แต่เมื่อกลับมาถึงแทนที่นาโกมุจะได้สืบทอดร้านกลับต้องมาเป็นพ่อเลี้ยงให้กับเด็กผู้หญิงตัวเล็กๆนามว่าอิตสึกะแทนซะงั้น และการพบพานของทั้งสองก็ทำให้เกิดเรื่องราวอบอุ่นหัวใจ

หลังจากหุ่นยนต์ที่มีวิทยาการล้ำหน้าที่สุดเจ็ดตัวถูกกำจัดพร้อมแนวร่วมมนุษย์ทีละราย นักสืบเกจิฮิโตะก็ล่วงรู้ว่าภัยอันตรายกำลังจะมาถึงตัวเอง