ยุคสมัยเมจิปีที่ 64 โทคุกาว่า โยชิโนบุถือครองอำนาจสิทธิขาด ประเทศได้ครองแหล่งพลังงาน "สายแร่มังกร" เพียงผู้เดียว แต่เบื้องหลังของความรุ่งเรืองนั้น ไฟแห่งการปฏิวัติยังคุกรุ่น องค์กรที่ต่อต้าน "คุชินาวะ" กำลังเคลื่อนไหวเพื่อชิงอำนาจ องค์กรใต้ดินของรัฐบาล "นูเอะ" ได้รับคำสั่งให้กำจัดคนเหล่านี้ ยูกิมูระ ซาวะที่ถูกสังหารล้างครอบครัวตั้งแต่ยังเด็กได้กลายเป็นมือสังหารพยายามหาศัตรูจาโนเมะอยู่ตลอด

สัตว์ประหลาดของ Urasawa สะท้อนถึงความเป็นตัวตนของเขาอย่างแท้จริง เรื่องเล่ามักเป็นเรื่องเกี่ยวกับการเปิดเผยความเป็นจริงเกี่ยวกับบุคคลในขณะที่เจาะลึกแง่มุมต่างๆ ของธรรมชาติของมนุษย์ผ่านตัวละคร ตัวละครเหล่านี้เป็นสัญลักษณ์ของ 'ความซับซ้อน' ที่มีอยู่ในตัวทุกคน ซึ่งแม้แต่คนที่ต่ำต้อยที่สุดก็ยังมีรูปร่างหน้าตาของมนุษยชาติหลงเหลืออยู่ มุมมองนี้เกิดจากความเชื่อของอุราซาวะที่เขายึดถือมาตั้งแต่เด็กว่าโลกไม่เพียงแค่เต็มไปด้วยความคิดเชิงบวกเท่านั้น แต่ยังมีด้านมืดอีกด้วย

แบล็กแจ็ก หมอเถื่อนผู้มีความสามารถสูงส่งหรือนับได้เป็นศัลยแพทย์อัจฉริยะ ทว่าเขาเป็นที่รังเกียจของวงการแพทย์เนื่องจากไม่มีใบอนุญาตประกอบโรคศิลป์การรักษา และมีการเรียกค่ารักษาจำนวนมหาศาล ทว่าในการรักษาบางครั้งก็ไม่รับค่าตอบแทนใด สมัยก่อนแบล็กแจ็กมีครอบครัวแต่วันหนึ่งพ่อของเขาไปมีภรรยาใหม่แบล็กแจ็กเลยต้องอยู่กับแม่2คนตอนเด็กขณะที่ไปเล่นชายหาดกับแม่ แบล็กแจ็กได้พบระเบิดสงคราม แม่ของแบล็กแจ็กไปช่วยไว้ก็เลยโดนระเบิดเสียชีวิต ส่วนแบล็กแจ็กที่บาดเจ็บสาหัสก็ได้หมอฮอนมะช่วยชีวิตไว้

หลังจากหุ่นยนต์ที่มีวิทยาการล้ำหน้าที่สุดเจ็ดตัวถูกกำจัดพร้อมแนวร่วมมนุษย์ทีละราย นักสืบเกจิฮิโตะก็ล่วงรู้ว่าภัยอันตรายกำลังจะมาถึงตัวเอง

ยานอวกาศของมนุษย์ต่างดาวตกบนโลก และความลับของเธอนำไปสู่สงครามที่สิ้นหวังกับศัตรูต่างด้าวที่ส่งมาเพื่อเอาเรือกลับมา