เกิดเหตุการณ์วางระเบิด ณ สนามฟุตบอลในการแข่งขันระหว่างทีมโตเกียวสปิริตส์และบิ๊กโอซาก้า ขณะเดียวกับที่สำนักงานนักสืบโมริได้รับโทรศัพท์ขู่วางระเบิดและ รหัสลับ โคนันจะต้องใช้รหัสปริศนาเหล่านั้นเพื่อไขคดีและหยุดยั้ง ระเบิดให้ได้

ในค่ำคืนที่มีดสนิทสายลับขององค์กรชุดดำได้เข้ามาขโมยรายชื่อสายลับของตำรวจที่แฝงเข้าไปในองค์กร เธอต้องหลบหนีจากการตามล่าของโทรุ อามุโร่ และอากาอิ ชูอิจิ ระหว่างที่หลบหนีรถที่ธอขับได้พลิกคว่ำตกลงไปในทะเล หลังจากนั้นสายลับของตำรวจก็ค่อย ๆ ถูกกำจัดไปทีละคน ในวันถัดมาโคนัน และเพื่อน ๆ ได้ไปเที่ยวพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ที่นั่นเองโคนันได้เจอกับหญิงสาวที่บาดเจ็บอยู่ แถมยังความจำเสื่อม และมีจุดเด่นคือตา 2 สีอีกด้วย โคนันจึงได้ช่วยหญิงสาวคนนั้นในการเรียกความทรงจำกลับคืนมา ในขณะนั้นเองพวกโคนันก็ถูกเบลม็อทจับตาดูอยู่ หรือว่าแท้จริงแล้วหญิงสาวคนนี้จะเป็นพวกชายชุดดำ จุดประสงค์ของเธอนั้นคืออะไร ชายชุดดำจะถูกเปิดโปงหรือ โคนันจะถูกไล่ลำกันแน่ ความมืดมิดจะเข้าสิงสู่ฝ่ายใดกัน!!??

สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งไหม่ในอ่าวโตเกียว ที่มีชื่อว่า "Edge of Ocean" กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่! มีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจ "ZERO" โคนันอดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้ ลายนิ้วมือถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุบ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ แต่ได้เกิดเหตุก่อการร้ายปริศนาพร้อมกันหลายจุดในตัวเมืองโตเกียว โคนัน และตำรวจรักษาความมั่นคงสืบจนได้รู้ว่าวันเปิดการประชุม Summit เป็นวันเดียวกับที่ยานสำรวจไร้มนุษย์ขนาดใหญ่ "หงส์ขาว" เสร็จสิ้นจากภารกิจที่ดาวอังคารและเดินทางกลับสู่โลก สุดท้ายแล้วจะมีอะไรเกิดขึ้นในวัน X Day ที่กำลังใกล้เข้ามากันนะ? แล้วอามุโร่ โทรุ ผู้เต็มไปด้วยปริศนา เป็นมิตรหรือศัตรูกันแน่?