เมื่อโลกกำลังเผชิญกับการทำลายล้างทรัพยากรธรรมชาติ องค์หญิงนักรบอย่างเนาซิกาจึงรวบรวมคนของเธอไปสู้กับกองกำลังที่กำลังบ้าคลั่งของราชินีผู้ชั่วร้าย

เด็กสาวคนหนึ่งร้องขอความช่วยเหลือจากนักล่าแวมไพร์ที่จะฆ่าแวมไพร์ที่กัดเธอและป้องกันไม่ให้เธอกลายเป็นแวมไพร์

ปี 2116 รัฐบาลญี่ปุ่นได้เริ่มส่งหุ่นโดรนที่ควบคุมด้วยระบบซิบิลออกไปยังประเทศอื่นที่ประสบปัญหา ทำให้ระบบถูกแผ่ขยายครอบคลุมไปทั่วโลก ด้วยการที่ต้องผจญกับสงครามกลางเมือง SEAUn (the South East Asia Union) หรือสหภาพเอซียตะวันออกเฉียงใต้ได้นำระบบซิบิลเข้ามาทำการทดลองใช้งาน ภายใต้ระบบการปกครองใหม่ นครชายหาดอย่างชัมบาลาโฟลตจึงกลับมาสงบสุขในชั่วเวลาหนึ่ง จนเมื่อ SEAUn ส่งผู้ก่อการร้ายลอบเข้ามายังประเทศญี่ปุ่นโดยบุกทะลวงฝ่าระบบซิบิลเข้ามาภายในแล้วจู่โจ่ม เงาของชายผู้คุ้นหน้าคุ้นตาก็ฉายปรากฎขึ้นภายใต้เหตุการณ์ดังกล่าวนี้ ในฐานะเจ้าหน้าที่ตำรวจ สึเนโมริอาคาเนะจึงได้เดินทางไปยังชัมบาลาโฟลตเพื่อทำการสืบสวน ความจริงของความยุติธรรมบนผืนแผ่นดินใหม่แห่งนี้จะถูกทำให้ประจักษ์ชัดขึ้น

เป็นเนื้อเรื่องที่ถูกสร้างสรรค์ขึ้นใหม่ ไม่ใช่การรีเมคจากเนื้อเรื่องเดิม โดยจะเป็นการบอกเล่าเรื่องราวของหุ่น Patlabor ยุคใหม่ เมื่อหน่วยตำรวจเลเบอร์ถูกตัดงบประมาณ จนหน่วยย่อย Section 2 Division 1 ต้องโดนยุบทิ้ง ส่วน Section 2 Division 2 ก็ต้องทำงานด้วยความยากลำบากในงบที่จำกัด โดยมีงบประมาณในการสร้างสูงถึง 20 ล้านดอลลาร์สหรัฐ รวมถึงการสร้างหุ่นยนต์ยักษ์สูง 8 เมตร 2 ตัวด้วย สำหรับนักแสดงที่จะมาร่วมงานในโปรเจคท์ The Next Generation : Patlabor ประกอบด้วย นักแสดงและนักร้องสาว เอรินะ มาโนะ ที่จะมารับบทเป็นพลขับหุ่นยนต์ Ingram และนักแสดงคนอื่น ๆ เช่น เซย์จิ ฟูกุชิ, รินะ โอตะ, ชิเกรุ ชิบะ และ โทชิโอะ กาเกะ โดยได้ ไค ยามามูระ มารับหน้าที่เขียนบทในฉบับซีรีส์ร่วมกับผู้กำกับมาโมรุ โอชิอิ และยังจะมี เคนจิ กาไว มาช่วยแต่งเพลงให้ทั้งฉบับซีรีส์และภาพยนตร์ด้วย

‘ซึซึกิ จิโรคิจิ’ (ลุงของโซโนโกะ) ชนะการประมูลผลงานเลื่องชื่อของ ‘แวนโก๊ะ’ เป็นภาพวาดดอกทานตะวันที่เคยมอดไหม้ไปพร้อมไฟสงครามที่ญี่ปุ่น ต่อมา ‘ซึซึกิ’ ได้ประกาศผ่านโทรทัศน์ว่ามีการจัดนิทรรศการภาพวาดโดยจะนำมาจัดแสดงภาพวาดอกทานตะวันนี้ถึง 7 ภาพ นับเป็นครั้งแรกของโลก ภายในหอศิลป์ ‘เรย์คล็อก’ ที่มีระบบรักษาความปลอดภัยสูง แล้วได้เรียกตัวผู้คุ้มกันระดับหัวกะทิที่ถูกขนานนามว่า ‘กลุ่มซามูไรทั้ง 7’ ให้มาดูแลหนึ่งในนั้นมี ‘โมริ โคโกโร่’ ด้วย ทว่าระหว่างการเตรียมงานนิทรรศการมีการขนภาพวาดดอกทานตะวันทางอากาศจากนิวยอร์กมายังญี่ปุ่น ‘จอมโจรคิด’ ได้กระทำการอุกอาจจนเกือบทำให้ผู้โดยสารถึงแก่ชีวิต มีคนพบเห็น คุโด้ ชินอิจิ ในงาน และเกิดความวุ่นวายเพิ่มขึ้นทุกขณะ แต่การแสดงภาพยังคงเดินหน้าต่อไป ปมปริศนาที่ก่อตัวขึ้นล้วนทำให้ ‘โคนัน’ กังขาถึงความจริงว่า ใครกัน!? คือผู้ชักใยอยู่เบื้องหลังภาพวาดดอกทานตะวันนี้ หากโคนันไม่สามารถไขคดีได้นั่นนั่นหมายถึงประวัติศาสตร์โลกต้องถูกเปลี่ยนหน้าไปตลอดกาล

เหตุการณ์เกิดขึ้นหลังจากภาคแรก 3 ปี เมื่อมีวิศวกรคนหนึ่งพยายามทำการ Ghost-dubbing อธิบายง่ายๆคือการโคลน/ก็อปปี้ จิตวิญญาณของมนุษย์ใส่ลงในหุ่นยนต์ Cyborg ให้กลายเป็นสิ่งมีชีวิต แต่แล้วเรื่องวุ่นๆก็เกิดขึ้น

สิบสามปีหลังสงครามปะทุ อามุโร่ เรย์ ผู้บังคับนิวกันดั้มและกองทัพสหพันธ์โลกต้องก้าวลงสู่สมรภูมิอีกครั้ง เมื่อกองทัพนีโอซีออน กลายมาเป็นภัยต่อความสงบสุข

โคนัน รันและลุงโคโกโร่ได้รับคำเชิญจากซึซึกิ โซโนโกะให้ร่วมเดินทาง บนเรือสำราญหรู ทว่ากลับมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้นและยังมีการวางระเบิด อีกต่างหาก การต่อสู้โดยมีชีวิตผู้โดยสารกว่า 600 คนเป็นเดิมพันจึงเริ่ม เปิดฉากขึ้น!