สองปีให้หลังการนำทัพออกไปต่อสู้กับเซฟิรอธผู้ชั่วร้าย คลาวด์ถูกชุบชีวิตกลับมาอีกครั้งหลังจากการโจมตีของสามพี่น้องลึกลับ

เมื่อสามสิบปีที่แล้วมีการกลายพันธุ์ของเผ่าพันธุ์กวัดแกว่งเปลวไฟ ขึ้นมาใหม่โดยทันทีทันใดทำลายมนุษยชาติส่วนใหญ่ สิ่งที่เรียกว่า“ Burnish” เหล่านี้ยังคงปรากฏอยู่อย่างสุ่ม ทิ้งร่องรอยแห่งความตายและการทำลายล้างในการปลุกของพวกเขา

โจรสลัดจากทั่วโลกเข้าร่วมงานเทศกาลเพื่อตามหาสมบัติของโกล ดี. โรเจอร์ แต่อดีตเพื่อนร่วมแก๊งของเขากลับมีแผนซ้อนอันชั่วร้ายของตัวเอง

‘ซึซึกิ จิโรคิจิ’ (ลุงของโซโนโกะ) ชนะการประมูลผลงานเลื่องชื่อของ ‘แวนโก๊ะ’ เป็นภาพวาดดอกทานตะวันที่เคยมอดไหม้ไปพร้อมไฟสงครามที่ญี่ปุ่น ต่อมา ‘ซึซึกิ’ ได้ประกาศผ่านโทรทัศน์ว่ามีการจัดนิทรรศการภาพวาดโดยจะนำมาจัดแสดงภาพวาดอกทานตะวันนี้ถึง 7 ภาพ นับเป็นครั้งแรกของโลก ภายในหอศิลป์ ‘เรย์คล็อก’ ที่มีระบบรักษาความปลอดภัยสูง แล้วได้เรียกตัวผู้คุ้มกันระดับหัวกะทิที่ถูกขนานนามว่า ‘กลุ่มซามูไรทั้ง 7’ ให้มาดูแลหนึ่งในนั้นมี ‘โมริ โคโกโร่’ ด้วย ทว่าระหว่างการเตรียมงานนิทรรศการมีการขนภาพวาดดอกทานตะวันทางอากาศจากนิวยอร์กมายังญี่ปุ่น ‘จอมโจรคิด’ ได้กระทำการอุกอาจจนเกือบทำให้ผู้โดยสารถึงแก่ชีวิต มีคนพบเห็น คุโด้ ชินอิจิ ในงาน และเกิดความวุ่นวายเพิ่มขึ้นทุกขณะ แต่การแสดงภาพยังคงเดินหน้าต่อไป ปมปริศนาที่ก่อตัวขึ้นล้วนทำให้ ‘โคนัน’ กังขาถึงความจริงว่า ใครกัน!? คือผู้ชักใยอยู่เบื้องหลังภาพวาดดอกทานตะวันนี้ หากโคนันไม่สามารถไขคดีได้นั่นนั่นหมายถึงประวัติศาสตร์โลกต้องถูกเปลี่ยนหน้าไปตลอดกาล

เมื่อโคนัน และ ”ชูอิจิ อากากิ” ได้รู้ว่าอดีตเจ้าหน้าที่ FBI “อลัน แม็คเคนซี่” ที่ตอนนี้ได้กลายมาเป็นประธานของ WSG จะทำการขึ้นรถไฟขบวนปฐมฤกษ์ ทั้งสองจึงทำการติดตามไปไขข้อสงสัย ในขณะที่น้องสาวของอากาอิ “มาสึมิ เซระ” และแม่ของอากาอิ “แมรี่ เซระ” ก็ได้ทำการติดตามสืบคดีนี้อยู่เช่นเดียวกัน แต่ที่น่าสนใจไปมากกว่านั้น ก็คือการที่น้องชายของอากาอิ “ชูคิจิ ฮาเนดะ” นักเล่นหมากรุกมืออาชีพก็กำลังจะเดินทางจากนาโกย่าไปยังโตเกียว ซึ่งเป็นจุดเริ่มของขบวนรถไฟขบวนนี้เช่นเดียวกัน