แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย ?แปซิฟิกบูย? แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ

เหตุการณ์เกิดขึ้นหลังจากภาคแรก 3 ปี เมื่อมีวิศวกรคนหนึ่งพยายามทำการ Ghost-dubbing อธิบายง่ายๆคือการโคลน/ก็อปปี้ จิตวิญญาณของมนุษย์ใส่ลงในหุ่นยนต์ Cyborg ให้กลายเป็นสิ่งมีชีวิต แต่แล้วเรื่องวุ่นๆก็เกิดขึ้น

โมริ โคโกโร่ได้รับเชิญให้ร่วมสืบคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่เกิดขึ้นกับผู้ เคราะห์ร้าย 6 รายตามจังหวัดต่างๆ แต่เมื่อโคโกโร่กำลังประชุมเรื่องคดี อยู่นั้น โคนันกลับเห็นนายตำรวจคนหนึ่งขึ้นรถของ ‘ยิน’ หนึ่งในองค์กร- ชายชุดดำไป! งานนี้โคนันจึงต้องไขคดีที่อาจสาวไปถึงตัวเหล่าชายชุดดำ ให้จงได้