สองปีให้หลังการนำทัพออกไปต่อสู้กับเซฟิรอธผู้ชั่วร้าย คลาวด์ถูกชุบชีวิตกลับมาอีกครั้งหลังจากการโจมตีของสามพี่น้องลึกลับ

เรื่องราวของกองกำลังทหาร E.S.W.A.T. ที่ปฏิบัติภารกิจในปี 2133 โอลิมปัสยูโทเปีย แห่งอนาคตที่ซึ่งมนุษย์ ไซบอร์ก และ มนุษย์วิศวกรรมชีวภาพที่เรียกว่า Bioroids กำลังพยายามอยู่ร่วมกันอย่างสมบูรณ์แบบ อย่างไรก็ตามชุดของการโจมตีของผู้ก่อการร้ายโดยไซบอร์กและมนุษย์ขู่ว่าจะโยนโอลิมปัส ไปสู่ความโกลาหลทั้งหมด เมื่อปรากฎว่ามนุษย์และเครื่องจักรเหล่านี้ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของสัญญาณอิเล็กทรอนิกส์ที่ไม่รู้จักซึ่งเจาะเข้าไปในระบบของพวกเขาและพวกเขาก็กลายเป็นคนรับใช้ที่ไม่เต็มใจขององค์กรที่มุ่งร้ายด้วยคอมพิวเตอร์ การถูกโยนลงไปสู่การทำสงคราม หญิงผู้กล้าหาญ นักรบ Deunan Knute และคู่รัก Cyborg พวกเขาตรวจสอบเหตุการณ์แปลกๆนี้กับสมาชิกคนอื่น ๆ ในหน่วยของพวกเขา ทุกอย่างซับซ้อนขึ้นเมื่อ ไบโอรอยด์ ชื่อ Tereus ซึ่งคล้ายกับ Briareous ในร่างมนุษย์ของเขาแทรกซึมในหน่วยของพวกเขาทำให้เกิดความแตกแยก

ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้มาเจอกับ ชีน่าและ เควิน ผู้พิทักษ์ โบราณสถานในเมืองชีน่า ชีน่าได้เล่าถึง ประวัติของดินแดนแห่งนี้ให้ฟัง หลังจากที่ อาร์เซอุส โปเกมอนในตำนานออกมาอาละวาดและตั้งใจจะ ล้างเผ่าพันธุ์ มนุษย์ ซาโตชิและเพื่อนๆ จึงได้ย้อนกลับไปในอดีต เพื่อแก้ไขอดีตที่ผิดพลาด