มุโต้ ยูกิ เด็กหนุ่มมัธยมปลายที่ชอบเล่นเกมทุกชนิด และมีนิสัยที่ขี้อายจึงมักจะถูกแกล้งอยู่เป็นประจำ วันหนึ่งยูกิได้ไขปริศนาอียิปต์โบราณที่รู้จักกันในชื่อตัวต่อพันปีได้สำเร็จทำให้ร่างกายถูกสิงโดนวิญญาณลึกลับที่มีนิสัยชอบเผชิญหน้ากับความท้าทายและการพนันไม่ว่าจะเป็น การ์ด, ลูกเต๋า, หรือเกมกระดานสวมบทบาท นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาเมือใดที่ยูกิหรือเพื่อนพ้องถูกคุกคามโดยผู้ที่มีความมืดอยู่ในจิตใจยูกิอีกคน (ยูกิด้านมืด) จะปรากฏตัวออกมาและจะท้าดวลด้วยเกมแห่งความมืด ผู้ที่แพ้การดวลจะถูกลงโทษอย่างแรงที่สุดด้วยเกมลงทัณฑ์ ซึ่งจะเปิดเผยแก่นแท้ในจิตใจของผู้คน ในเวลาผ่านไปในเรื่องยูกิและเพื่อนพ้องได้รู้ว่าวิญญาณที่สิงในตัวต่อพันปีคือวิญญาณฟาโรห์ไร้นามจากยุคอียิปต์โบราณที่สูญเสียความทรงจำ ในขณะที่ยูกิและเพื่อนพ้องได้พยายามช่วยฟาโรห์นำความทรงจำที่หายไปกลับคืนมา ได้รู้ว่าจะต้องผ่านบททดสอบที่ต้องเดิมพันด้วยชีวิต พวกเขาจะต้องเผชิญหน้ากับผู้ที่มีไอเทมพันปี และพลังของเกมแห่งความมืด

โลกถูกคุกคามด้วยสิ่งมีชีวิตมีพลังที่ทำลายดวงจันทร์ได้ 70% ทำให้ดวงจันทร์มีรูปร่างเสี้ยวตลอดไป สิ่งมีชีวิตนั้นได้อ้างว่าภายใน 1 ปี โลกก็จะถูกทำลายโดยเขา แต่เขาให้โอกาสมนุษย์หลีกเลี่ยงชะตากรรมนี้ ในโรงเรียนม.ต้นคุนุกิงาโอกะ เขาได้เริ่มทำงานเป็นครูประจำชั้น ม.3 ห้อง E ที่สอนนักเรียนไม่เพียงแค่วิชาทั่วไป แต่วิธีการลอบสังหารด้วย รัฐบาลญี่ปุ่นได้มีรางวัลเป็นเงิน 1 หมึ่นล้านเยน (3 พันล้านบาทโดยประมาณ) ให้สำหรับนักเรียนผู้ที่สามารถฆ่าอาจารย์ได้ โดยพวกเขาได้ตั้งชี่ออาจารย์ว่า “อาจารย์โคโระ” แต่ทว่าการฆ่าอาจารย์เป็นเรื่องที่แทบจะเป็นไปไม่ได้ เพราะเขามีพลังพิเศษมากมายไม่ว่าจะเป็นการเคลี่อนไหวด้วยความเร็ว 20 มัค แต่เขาก็เป็นครูที่ดีที่สุดที่พวกเขาเคยมี

เรื่องราวของ นักรบกระจอกจากองค์กรชั่วร้ายที่ยึดครองดาวดวงอื่นๆ เมื่อโดนสั่งให้สำรวจดาวดวงอื่น ตัวเขาเกิดความเข้าใจผิดจนกลายมาเป็นผู้กล้ากู้อาณาจักรของดาวอีกดาวหนึ่ง

มุโต้ ยูกิ เด็กหนุ่มมัธยมปลายที่ชอบเล่นเกมทุกชนิด และมีนิสัยที่ขี้อายจึงมักจะถูกแกล้งอยู่เป็นประจำ วันหนึ่งยูกิได้ไขปริศนาอียิปต์โบราณที่รู้จักกันในชื่อตัวต่อพันปีได้สำเร็จทำให้ร่างกายถูกสิงโดนวิญญาณลึกลับที่มีนิสัยชอบเผชิญหน้ากับความท้าทายและการพนันไม่ว่าจะเป็น การ์ด, ลูกเต๋า, หรือเกมกระดานสวมบทบาท นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาเมือใดที่ยูกิหรือเพื่อนพ้องถูกคุกคามโดยผู้ที่มีความมืดอยู่ในจิตใจยูกิอีกคน (ยูกิด้านมืด) จะปรากฏตัวออกมาและจะท้าดวลด้วยเกมแห่งความมืด ผู้ที่แพ้การดวลจะถูกลงโทษอย่างแรงที่สุดด้วยเกมลงทัณฑ์ ซึ่งจะเปิดเผยแก่นแท้ในจิตใจของผู้คน ในเวลาผ่านไปในเรื่องยูกิและเพื่อนพ้องได้รู้ว่าวิญญาณที่สิงในตัวต่อพันปีคือวิญญาณฟาโรห์ไร้นามจากยุคอียิปต์โบราณที่สูญเสียความทรงจำ ในขณะที่ยูกิและเพื่อนพ้องได้พยายามช่วยฟาโรห์นำความทรงจำที่หายไปกลับคืนมา ได้รู้ว่าจะต้องผ่านบททดสอบที่ต้องเดิมพันด้วยชีวิต พวกเขาจะต้องเผชิญหน้ากับผู้ที่มีไอเทมพันปี และพลังของเกมแห่งความมืด

เมื่อเขาถูกทาคากิซัง เพื่อนร่วมชั้นกลั่นแกล้งไม่หยุด นักเรียนม.ต้นอย่างนิชิกาตะจึงสาบานว่าจะแก้เผ็ดเธอให้ได้ แต่สุดท้ายก็แพ้อยู่ดี

นักเรียนไฮสคูลคนหนึ่งได้ครอบครองสมุดบันทึกลึกลับที่ตกลงมาจากฟ้า และพบว่าเขามีอำนาจที่จะฆ่าใครก็ได้ โดยเพียงแค่เขียนชื่อคนๆ นั้นลงไปในสมุดเล่มนี้