ความโกลาหลเกิดขึ้นในโลกมนุษย์อิจิโกะและคอนไปยังโซลโซไซตี้ที่โดยทำลายด้วยอนุวิญญาณและความผิดพลาดของลูเคียแปลกที่พวกยมทูตจำอิจิโกะไม่ได้และคิดว่าเขาและลูเคียคือต้นเหตุของปัญหาในโซลโซไซตี้ อิจิโกะจึงได้ทำการหลบหนีและตามหาลูเคียเพื่อตามคนร้ายตัวจริง

หลังจากที่สิ่งมีชีวิตที่ไม่ปรากฏชื่อที่เรียกว่า "ผู้ไร้ตัวตน" เริ่มปรากฏขึ้น ในไม่ช้าพวกเขาก็ตามด้วยยมทูตชื่อ เซ็นนะ ที่ทำให้พวกเขาหายตัวไป ยังเป็นปริศนากับสิ่งมีชีวิตที่ไม่รู้จักเหล่านี้และหญิงสาวที่ลึกลับยิ่งกว่านั้น อิจิโกะและลูเคียออกเดินทางเพื่อเรียนรู้เพิ่มเติม แต่ค้นพบแผนการชั่วร้ายเมื่อกลุ่มที่คุกคามพยายามลักพาตัวเซ็นนะ

10 ปีหลังสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งล่าสุด เอมิยะ ชิโร่ ได้ใช้ชีวิตอย่างสงบสุขในเมืองฟุยูกิ โดยมีรุ่นน้องของเขา มาโต้ ซากุระ คอยอยู่ข้างกายทุกๆ วัน จนกระทั่งสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่ได้เริ่มต้นขึ้น เขาได้ถูกดึงเข้าสู่สงครามโดยการเรียก Servant Saber และตัดสินใจยืนหยัดต่อสู้ในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ชี้ชะตาเหล่าจอมเวทย์เพื่อความปรารถนาของพวกเขา

"ฝ่ายตรงข้ามที่ฉันต้องต่อสู้ ยังคงอยู่ในเมืองนี้" เด็กหนุ่มตัดสินใจที่จะต่อสู้ต่อไป เพื่อปกป้องเด็กสาวสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ที่เหล่าจอมเวท (มาสเตอร์) และจิตวิญญาณแห่งวีรชน (เซอร์วานท์) เข้าต่อสู้เพื่อนำไปสู่การครอบครอง จอกศักดิ์สิทธิ์สงครามครั้งใหม่ได้เริ่มขึ้นอีกครั้ง ณ เมืองฟุยุกิ เมื่อ 10 ปีให้หลังจากสงครามครั้งที่แล้วแต่แล้ว การมาของมาโต้ โซเค็น ผู้เป็นหนึ่งในสามตระกูลที่สร้างสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ทำให้สิ่งต่างๆเริ่มบิดเบี้ยวและเลวร้ายยิ่งขึ้น เมื่อโซเค็นอัญเชิญเซอร์วานท์ แอสซาซินที่แท้จริงออกมา เงามืดที่ไม่มีใครรู้จักครอบคลุมเมือง สังหารเหล่ามาสเตอร์ และเซอร์วานท์ทีละคน เอมิยะ ชิโร่ ผู้ซึ่งได้ต่อสู้ในฐานะมาสเตอร์ในสงครามครั้งนี้ได้รับบาดเจ็บและสูญเสียเซอร์วานท์ เซเบอร์ไป ด้วยการตัดสินใจที่จะปกป้องมาโต้ ซากุระ เขาจึงปฏิเสธที่จะออกจากสนามรบในขณะที่ซากุระกังวลเกี่ยวกับชิโร่นั้น เธอเองก็ต้องเองพัวพันกับชะตากรรมของตนในฐานะจอมเวท "ฉันสัญญาฉันจะ ... "เขาตัดสินใจว่าจะไม่ทรยศต่อเธอ อย่างไรก็ตามความปรารถนาอันแรงกล้าของพวกเขากำลังถูกบดบังด้วยเงามืด

อิลิยาได้เรียนรู้อะไรหลาย ๆ อย่างหลังผ่านการต่อสู่กับเอนสเวิร์ธ: ทั้งอดีตของมิยุ และโลกคู่ขนานของชิโร่ รวมทั้งสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่กำลังจะเกิดขึ้นในโลกนี้ นี่คือเรื่องราวเกี่ยวกับชะตากรรมอันน่าเศร้าของมิยุ และสงครามการต่อสู้เพื่อช่วยเหลือน้องสาวของชิโร่