หลังจากถูกวางพิษร้ายแรงในภารกิจสุดท้าย มือสังหารสาวไร้ปรานีที่ทำงานในโตเกียวก็เหลือเวลาไม่ถึง 24 ชั่วโมงในการตามล่าล้างแค้นคนที่สั่งเก็บเธอ

จิเก็น รู้สึกพ่ายแพ้และมองหาช่างทำปืนที่เก่งที่สุดในโลก ในที่สุดจิเก็นก็พบว่าจิฮารุเป็นเจ้าของร้านนาฬิกาเล็กๆ และเป็นคนที่เขาตามหา จากนั้นจิเก็นก็ได้พบกับหญิงสาวชื่อโอโตะที่มาขอปืนกับชิฮารุ จิเกนค่อยๆ เผยความลับของโอโตะและรู้ว่าองค์กรลึกลับมุ่งเป้าไปที่เธอ หลังจากที่โอโตะถูกศัตรูลักพาตัวไป จิเก็นก็ทุ่มตัวเองเข้าสู่การต่อสู้ที่สิ้นหวังเพื่อช่วยเธอ

หน่วยงาน BSAA “คริส เรดฟิลด์” ได้ทำการสืบสวนหาสาเหตุการแพร่กระจายไวรัสชนิดใหม่ ที่ทำให้คนที่ตายไปแล้วคืนชีพขึ้นมาและบ้าคลั่งทำร้ายคนอื่น โดยมีเบื้องหลังคือพ่อค้าอาวุธชีวภาพ “เกลน แอรีส” ชายผู้หมายจะครองตลาดค้าอาวุธชีวภาพด้วยการเก็บตกเหล่าเชื้อไวรัสของบ.ไทรเซล และอัมเบรลล่า โดยไวรัสชนิดนี้ นอกจากทำให้คนกลายเป็นซอมบี้แล้ว เขายังสามารถโปรแกรมให้มันแยกแยะมิตรหรือศัตรู และมันก็ใช้ได้ผลดีกับพวก B.O.W. อีกด้วย ด้วยความช่วยเหลือของ “รีเบคก้า แชมเบอร์ส” นักวิจัยของ BSAA ทำให้การสืบสวนของคริสคืบหน้าไม่น้อย แต่คริสก็ยังเสียลูกน้องในทีมไปอีกเขาจึงมาขอความร่วมมือกับเจ้าหน้าที่ความมั่นคงของชา ติ “ลีออน สก๊อต เคเนดี้” มาช่วยอีกแรงในการหยุดไวรัส

ในปี 1604 มิยาโมโตะ มูซาชิโจมตีตระกูลโยชิโอกะที่สำนักของพวกเขาและเอาชนะอาจารย์เซย์จูโร่และน้องชายของเขา เด็นชิจิโร่ ในการดวลสองครั้ง เพื่อรักษาชื่อเสียง ตระกูลโยชิโอกะจึงตัดสินใจสู้กลับด้วยสมาชิกครอบครัวทั้ง 100 คนและจ้างซามูไรเพิ่มอีก 300 คน ตอนนี้ มูซาชิตั้งเป้าที่จะเอาชนะศัตรูทั้ง 400 คนในการต่อสู้ที่โด่งดังที่สุดของเขา