โลกถูกคุกคามด้วยสิ่งมีชีวิตมีพลังที่ทำลายดวงจันทร์ได้ 70% ทำให้ดวงจันทร์มีรูปร่างเสี้ยวตลอดไป สิ่งมีชีวิตนั้นได้อ้างว่าภายใน 1 ปี โลกก็จะถูกทำลายโดยเขา แต่เขาให้โอกาสมนุษย์หลีกเลี่ยงชะตากรรมนี้ ในโรงเรียนม.ต้นคุนุกิงาโอกะ เขาได้เริ่มทำงานเป็นครูประจำชั้น ม.3 ห้อง E ที่สอนนักเรียนไม่เพียงแค่วิชาทั่วไป แต่วิธีการลอบสังหารด้วย รัฐบาลญี่ปุ่นได้มีรางวัลเป็นเงิน 1 หมึ่นล้านเยน (3 พันล้านบาทโดยประมาณ) ให้สำหรับนักเรียนผู้ที่สามารถฆ่าอาจารย์ได้ โดยพวกเขาได้ตั้งชี่ออาจารย์ว่า “อาจารย์โคโระ” แต่ทว่าการฆ่าอาจารย์เป็นเรื่องที่แทบจะเป็นไปไม่ได้ เพราะเขามีพลังพิเศษมากมายไม่ว่าจะเป็นการเคลี่อนไหวด้วยความเร็ว 20 มัค แต่เขาก็เป็นครูที่ดีที่สุดที่พวกเขาเคยมี

อัจฉริยะคนหนึ่งสร้างวิดีโอเกมส์ด้วยเทคโนโลยีใหม่ให้ผู้เล่นสามารถควบคุมตัวตนจำลองในเกมส์ได้ด้วยร่างกายของพวกเขา แต่การหักมุมสุดสะพรึงกำลังจะเริ่มต้นขึ้น

โอคาซากิ โทโมยะ เป็นเด็กหนุ่มม.ปลายที่รู้สึกเบื่อหน่ายกับชีวิตของตนเอง จนกระทั่งวันที่เขาได้พบกับเด็กสาวชื่อ ฟุรุคาวะ นางิสะ ที่มีร่างกายอ่อนแอ เธอต้องพบกับความผิดหวังเพราะชมรมละครได้ถูกยุบไปแล้ว ดังนั้นโทโมยะจึงคิดช่วยนางิสะฟื้นฟูชมรมละครขึ้นมาอีกครั้ง ในขณะเดียวกัน เขาก็ต้องเข้าไปเกี่ยวข้องกับเด็กสาว อีก 4 คน ซึ่งแต่ละคนก็มีเรื่องราวของตัวเองด้วย ชีวิตอันแสนน่าเบื่อของโทโมยะ กำลังจะเปลี่ยนแปลงไปตลอดกาล

โอคาซากิ โทโมยะ เป็นเด็กหนุ่มม.ปลายที่รู้สึกเบื่อหน่ายกับชีวิตของตนเอง จนกระทั่งวันที่เขาได้พบกับเด็กสาวชื่อ ฟุรุคาวะ นางิสะ ที่มีร่างกายอ่อนแอ เธอต้องพบกับความผิดหวังเพราะชมรมละครได้ถูกยุบไปแล้ว ดังนั้นโทโมยะจึงคิดช่วยนางิสะฟื้นฟูชมรมละครขึ้นมาอีกครั้ง ในขณะเดียวกัน เขาก็ต้องเข้าไปเกี่ยวข้องกับเด็กสาว อีก 4 คน ซึ่งแต่ละคนก็มีเรื่องราวของตัวเองด้วย ชีวิตอันแสนน่าเบื่อของโทโมยะ กำลังจะเปลี่ยนแปลงไปตลอดกาล

โอคาซากิ โทโมยะ เป็นเด็กหนุ่มม.ปลายที่รู้สึกเบื่อหน่ายกับชีวิตของตนเอง จนกระทั่งวันที่เขาได้พบกับเด็กสาวชื่อ ฟุรุคาวะ นางิสะ ที่มีร่างกายอ่อนแอ เธอต้องพบกับความผิดหวังเพราะชมรมละครได้ถูกยุบไปแล้ว ดังนั้นโทโมยะจึงคิดช่วยนางิสะฟื้นฟูชมรมละครขึ้นมาอีกครั้ง ในขณะเดียวกัน เขาก็ต้องเข้าไปเกี่ยวข้องกับเด็กสาว อีก 4 คน ซึ่งแต่ละคนก็มีเรื่องราวของตัวเองด้วย ชีวิตอันแสนน่าเบื่อของโทโมยะ กำลังจะเปลี่ยนแปลงไปตลอดกาล

โอคาซากิ โทโมยะ เป็นเด็กหนุ่มม.ปลายที่รู้สึกเบื่อหน่ายกับชีวิตของตนเอง จนกระทั่งวันที่เขาได้พบกับเด็กสาวชื่อ ฟุรุคาวะ นางิสะ ที่มีร่างกายอ่อนแอ เธอต้องพบกับความผิดหวังเพราะชมรมละครได้ถูกยุบไปแล้ว ดังนั้นโทโมยะจึงคิดช่วยนางิสะฟื้นฟูชมรมละครขึ้นมาอีกครั้ง ในขณะเดียวกัน เขาก็ต้องเข้าไปเกี่ยวข้องกับเด็กสาว อีก 4 คน ซึ่งแต่ละคนก็มีเรื่องราวของตัวเองด้วย ชีวิตอันแสนน่าเบื่อของโทโมยะ กำลังจะเปลี่ยนแปลงไปตลอดกาล

สึซึมิยะ ฮารุฮิ นักเรียน ม.4 เป็นจุดเริ่มต้ทั้งหมดในเรื่อง โดยมีความสนใจในสิ่งเหนือ ธรรมชาติ มนุษย์ต่างดาว คนที่มาจากโลกอนาคต และผู้มีพลังจิตและมี ความสามารถท่างกีฬาเปอย่างมากเรียนเก่ง แต่ด้วยความเป็นคนตรงไปตรงมาก จึงมีอุปนิสัยที่ แปลกประหลาด ทำให้เพื่อนที่เป็นคนธรรมดา ไม่อาจจะรับรู้ความต้องการของเธอได้ ยกเว้นเพื่อนเพียงคนเดียวคือ เคียวน์ จนทำให้เธอได้ตั้ง "กองพัน SOS"