กองทัพโคลนส์จู่โจมดำเนินเรื่องหลังเหตุการณ์ในภัยซ่อนเร้นประมาณสิบปี ในช่วงที่กาแลกซีกำลังจวนเจียนจะเข้าสู่สงคราม ดาวเคราะห์จำนวนมากพยายามแยกตัวออกจากสาธารณรัฐกาแลกติกภายใต้การยุยงของอดีตเจไดชื่อเคานท์ดูกู อนาคิน สกายวอล์คเกอร์ ซึ่งกำลังฝึกหัดเป็นเจได ได้รับมอบหมายให้คุ้มครองวุฒิสมาชิกแพดเม่ อมิดาลา หลังเหตุการณ์ลอบสังหาร ในขณะที่โอบีวัน เคโนบี ผู้เป็นอาจารย์ ได้รับมอบหมายให้สืบสวนเบื้องหลังการลอบสังหารครั้งนี้ ในที่สุดแล้วทั้งอนาคิน แพดเม่ และโอบีวัน ได้ถูกชักนำมายังเขตใจกลางฝ่ายแบ่งแยกดินแดน และได้ร่วมเป็นส่วนหนึ่งของการกำเนิดของสงครามโคลน ซึ่งจะคุกคามกาแลกซีไปอีกหลายปี

สารคดีตอนพิเศษที่จะพาคุณไปพบกับการกลับมาของโอบีวัน เคโนบี, อนาคิน สกายวอล์คเกอร์ และเรื่องราวยิ่งใหญ่สุดเร้าใจที่เชื่อมมหากาพย์ภาพยนตร์เข้าไว้ด้วยกัน

ภาพยนตร์ดำเนินเรื่องในช่วงเวลาสามปีหลังเริ่มสงครามโคลน เหล่าอัศวินเจไดต่างถูกมอบหมายให้นำกองทัพโคลนไปรบกับสมาพันธ์แบ่งแยกดินแดนทั่วกาแลกซี อาจารย์เจไดโอบีวัน เคโนบี ได้รับมอบหมายให้ไปสังหารนายพลกรีวัสผู้นำของสมาพันธ์แบ่งแยกฯ ส่วนอัศวินเจไดอนาคิน สกายวอล์คเกอร์ เริ่มมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสมุหนายกพัลพาทีนแห่งสาธารณรัฐกาแลกติก ซึ่งตัวตนที่แท้จริงที่ไม่มีใครล่วงรู้คือเป็นซิธลอร์ด จ้าวแห่งซิธ ความสัมพันธ์นี้จะกลายเป็นภัยใหญ่หลวงต่อนิกายเจได สาธารณรัฐ ตัวอนาคินเอง ซึ่งในที่สุดจะพลาดพลั้งเข้าสู่ด้านมืดของพลัง กลายเป็นดาร์ธ เวเดอร์ และเปลี่ยนชะตาของกาแลกซีไปตลอดกาล