ในปี ค.ศ. 1996 หลังจากการตายของสเปชก็อดซิลลา Miki Saegusa ได้เดินทางไปพบเกาะที่กำเนิดในการตรวจสอบก็อตซิลล่า และลูกชาย แต่เธอก็พบว่าทั้งเกาะถูกทำลายไป ในฮ่องกง ก็อตซิลล่าปรากฏตัว ปกคลุมไปด้วยเรืองแสงมีผื่นขึ้นเหมือนลาวา อาละวาดก่อให้เกิดความเสียหายที่สำคัญและฆ่าพลเรือนหลายพันคน กลุ่มของผู้แทนจากกองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่น ว่าจ้างนักศึกษาวิทยาลัย Kenichi Yamane หลานชายของ Dr. Kyohei Yamane เข้ามาทำงานที่ศูนย์ในความพยายามที่จะคลี่คลายความลึกลับของสภาวะของก็อตซิลล่า Yamane สงสัยว่า หัวใจของก็อตซิลล่า ทำหน้าที่เป็นเครื่องปฏิกรณ์นิวเคลียร์ ที่ผ่านการหลอมละลายนิวเคลียร์ เมื่อก็อตซิลล่ามีอุณหภูมิถึง 1,200 องศาเซลเซียส เขาจะระเบิดด้วยความเร็วเพิ่มมากขึ้นกว่าทุกอาวุธนิวเคลียร์ของโลก การปรับใช้ต่อสู้ของยานพาหนะ JSDF ที่บินติดอาวุธด้วยอาวุธเย็นต่อต้านนิวเคลียร์ในการป้องกันครั้งนี้คือ Super X ในขณะที่นักวิทยาศาสตร์สร้างสูตรใหม่สำหรับการ Oxygen Destroyer ที่ถูกสร้างขึ้นโดย Dr. Serizawa ในปี ค.ศ. 1954

เรื่องราวความรักระหว่างอาโออิ (ยามาดะ เรียวสุเกะ) ชายหนุ่มที่ละทิ้งเสียงของเขาไปหลังผ่านเหตุการณ์บางอย่าง และมิกะ (ฮามาเบะ มินามิ) นักศึกษาวิทยาลัยดนตรี ที่ความฝันกำลังจบลงเพราะสูญเสียการมองเห็นไปในอุบัติเหตุ อาโออิได้เข้ามาช่วยเหลือและปกป้องเธอจากอัตรายต่าง ๆ เขาปรารถนาให้มิกะได้ทำตามความฝันที่จะเป็นนักเปียโนให้ได้ ด้วยความอ่อนโยนของอาโออิทำให้มิกะเปลี่ยนไป และทำให้เธอรู้สึกได้ถึงความหวังอีกครั้ง

อาโออิเรียนการถ่ายภาพที่โรงเรียนแห่งหนึ่งในโตเกียว เธอเข้ารับการผ่าตัดปลูกถ่ายหัวใจและเดินทางไปพักฟื้นที่เกาะโอกินาว่า ลุงของเธออาศัยอยู่บนเกาะ ที่นั่น เธอถือกล้องและเดินไปตามเกาะ อาโออิได้ยินเสียงแตร เธอเงยหน้าขึ้นมองและเห็นชายหนุ่มกำลังเล่นแตร เขาชื่อซิโอ