แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย ?แปซิฟิกบูย? แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ

ขณะที่พวกโคนันกำลังชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ก็ได้มีกระสุนปริศนาพุ่งเข้าใส่ร่างชายคนหนึ่ง และจุดที่คนร้ายยิงในทุกคดี ก็มีลูกเต๋าปริศนาพร้อมปลอกกระสุนที่คนร้ายทิ้งปริศนาเอาไว้ ซึ่งผู้ต้องสงสัยอันดับหนึ่งคือ อดีตพลซุ่มยิงของหน่วยซีล แต่ทว่าคดีนี้ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิดอีกต่อไป เมื่อผู้ต้องสงสัยถูกสไนเปอร์อีกคนยิงตาย ประชาชนทั่วญี่ปุ่นกลัวว่าจะเป็นการยิงไม่เลือกหน้า จึงปั่นป่วนไปกันทั่วญี่ปุ่น ดังนั้นกรมตำรวจทั่วญี่ปุ่นและเอฟบีไอ จึงได้ร่วมมือกันสอบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในครั้งนี้ ระหว่างที่โคนันสืบสวนก็ไปสะดุดตาคนร้ายเข้าจึงถูกลอบยิง แต่เซระก็กระโดดไปรับกระสุนแทนจนได้รับบาดเจ็บ ถือว่าดีที่ เซระ ไม่เสียชีวิต

Episode ONE เดอะมูฟวี่ภาคพิเศษที่สร้างขึ้นเพื่อฉลองครบรอบ 20 ปี การ์ตูนยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ที่จะพาแฟนๆ ย้อนกลับไปเจาะลึกเหตุการณ์ และยาพิษปริศนาขององค์กรชุดดำ ที่ทำให้คุโด้ ชินอิจิ นักสืบม.ปลาย ต้องกลายเป็น เอโดงาวะ โคนัน นักสืบประถมรุ่นจิ๋วอีกครั้ง

ในค่ำคืนที่มีดสนิทสายลับขององค์กรชุดดำได้เข้ามาขโมยรายชื่อสายลับของตำรวจที่แฝงเข้าไปในองค์กร เธอต้องหลบหนีจากการตามล่าของโทรุ อามุโร่ และอากาอิ ชูอิจิ ระหว่างที่หลบหนีรถที่ธอขับได้พลิกคว่ำตกลงไปในทะเล หลังจากนั้นสายลับของตำรวจก็ค่อย ๆ ถูกกำจัดไปทีละคน ในวันถัดมาโคนัน และเพื่อน ๆ ได้ไปเที่ยวพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ที่นั่นเองโคนันได้เจอกับหญิงสาวที่บาดเจ็บอยู่ แถมยังความจำเสื่อม และมีจุดเด่นคือตา 2 สีอีกด้วย โคนันจึงได้ช่วยหญิงสาวคนนั้นในการเรียกความทรงจำกลับคืนมา ในขณะนั้นเองพวกโคนันก็ถูกเบลม็อทจับตาดูอยู่ หรือว่าแท้จริงแล้วหญิงสาวคนนี้จะเป็นพวกชายชุดดำ จุดประสงค์ของเธอนั้นคืออะไร ชายชุดดำจะถูกเปิดโปงหรือ โคนันจะถูกไล่ลำกันแน่ ความมืดมิดจะเข้าสิงสู่ฝ่ายใดกัน!!??

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

เมื่อโคนัน และ ”ชูอิจิ อากากิ” ได้รู้ว่าอดีตเจ้าหน้าที่ FBI “อลัน แม็คเคนซี่” ที่ตอนนี้ได้กลายมาเป็นประธานของ WSG จะทำการขึ้นรถไฟขบวนปฐมฤกษ์ ทั้งสองจึงทำการติดตามไปไขข้อสงสัย ในขณะที่น้องสาวของอากาอิ “มาสึมิ เซระ” และแม่ของอากาอิ “แมรี่ เซระ” ก็ได้ทำการติดตามสืบคดีนี้อยู่เช่นเดียวกัน แต่ที่น่าสนใจไปมากกว่านั้น ก็คือการที่น้องชายของอากาอิ “ชูคิจิ ฮาเนดะ” นักเล่นหมากรุกมืออาชีพก็กำลังจะเดินทางจากนาโกย่าไปยังโตเกียว ซึ่งเป็นจุดเริ่มของขบวนรถไฟขบวนนี้เช่นเดียวกัน